JAGURS 入力ファイル設定 †パラメータ †デフォルトで input/ の中にある tsun.par などは,各種パラメータを入力するファイル. jagurs par=XXX.par と指定する. ¶ms gridfile="gridfile.dat" maxgrdfn="zmax.grd" vmaxgrdfn="vmax.grd" tgstafn="test_tgs.txt" dt=0.05 tend=120 !2min. for TEST itmap=1200 tau=60 cf=-0.025 cfl=-0.025 coriolis=0 smooth_edges=0 c2p_all=1 def_bathy=1 plotgrd=-1 velgrd=0 procx=2 !for Parallel version procy=2 !for Parallel version /
地形(水深)・初期水位 †ファイル名を指定するファイル †用いる地形と初期水位(または断層モデル)のファイルを指定するためのファイルがあり,それが上記の par ファイルでいうところの gridfile="gridfile.dat" である.その中身は SD01 SD01 1 bathy.SD01.grd disp.SD01.grd SD02 SD01 0 bathy.SD02.grd disp.SD02.grd SD03 SD02 0 bathy.SD03.grd disp.SD03.grd のようになっている. SD01 SD01 1 "../input/bathy.SD01.grd" "../input/disp.SD01.grd" SD02 SD01 0 "../input/bathy.SD02.grd" "../input/disp.SD02.grd" SD03 SD02 0 "../input/bathy.SD03.grd" "../input/disp.SD03.grd" 断層の動的破壊を考慮して,初期水位ファイルがひとつに収まらないときは, SD01 SD01 1 "../../bath/bath_0810-01_mask.grd" disp.SD01.list にようにファイル名を記入し,この disp.SD01.list には順番にファイル名を1行ずつ列挙する. SD01 SD01 1 "../../bath/bath_0810-01.grd" disp.SD01.list SD02 SD01 0 "../../bath/bath_0270-01.grd" NO_DISPLACEMENT_FILE_GIVEN SD03 SD02 0 "../../bath/bath_0090-01.grd" NO_DISPLACEMENT_FILE_GIVEN SD04 SD03 0 "../../bath/bath_0030-01.grd" NO_DISPLACEMENT_FILE_GIVEN SD05 SD04 0 "../../bath/bath_0010-01.grd" NO_DISPLACEMENT_FILE_GIVEN とし,par のファイルで init_disp_interpolation=1 use_linear=0 ! 0: spline 1: linear とする.par ファイルは Fortran の namelist 形式なので単に params のリストの中に行を追加するだけ.
地形ファイル等のフォーマット †GEBCO で NetCDF の地形を入手しても,JAGURSではそのまま使うことはできない. gmt grdmath toponc.grd NEG = bathcf.grd=cf とする.最後の =cf というフォーマット指定が重要. gmt grdconvert dispnc.grd -Gdispcf.grd=cf
station (時系列を記録する定点) †station の場所を指定するファイルは, par ファイルの tgstafn="test_tgs.txt" の部分, test_tgs.txt は以下のようになっている. 6 40.116667 142.0666667 1 #GPS807 39.627222 142.1866667 2 #GPS804 39.258611 142.0969444 3 #GPS802 38.857778 141.8944444 4 #GPS803 38.2325 141.6836111 5 #GPS801 36.971389 141.1855556 6 #GPS806
並列計算 †最後の procx=2 !for Parallel version procy=2 !for Parallel version はあくまで MPI の分割条件であって,これは OpenMP には関係ない. !procx=2 !for Parallel version !procy=2 !for Parallel version OpenMP はいつも通り環境変数の OMP_NUM_THREADS で指定する.
流速の出力 †plotgrd=-1 の -1 は入力した全領域の水位の空間分布を itmap のステップごとに出力するという意味であるが, velgrd=0 は -1 にしても流速の出力はなかった. velgrd=1 とすれば OK っぽい. |