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コンパイルは基本 Makefile で全て済む. OS (マシン)依存の分岐を入れたい場合は
# OS OS=$(shell uname)
と OS を取得して,例えば
ifeq ($(OS), Linux) PROJ4_DIR=/home/miyashita/proj4 else PROJ4_DIR=/opt/proj4 endif
のようにすればOK.