Takuya Miyashita

JAGURS テスト計算 †

GitHubから clone したものを前提としています．

コンパイル †

src/ にある Makefile をコンパイル．
各コンパイラ用の Makefile.XXX があるので， Makefile としてシンボリックリンクを貼るか， make -f でファイル指定する． 並列計算をしない場合は Makefile を編集して MPI を off にする．
Makefile の中で変更すべき箇所は， PROJ，FFTW，NetCDF4 のパス．
nf-config のパスが通っていれば，NETCDF の定義は

# NETCDF: Specify the path to NetCDF library.
NETCDF=$(shell nf-config --prefix)

でOK．

テスト計算の実行 †

並列計算なし †

計算実行は

./jagurs par=XXX.par

というようにパラメータを設定したファイルを実行ファイルのあとに指定する．
input/ の中にテスト用として tsun.par というファイルが入っており，

./jagurs par=tsun.par

とすると計算が開始された．
tend=120 とあり，この計算では最初の2分間だけ計算する．公式docに各パラメータについての説明が書いてある．
XXX.par のファイルの中身は Fortran の namelist 形式なので，容易に編集可能．
（MPI並列計算をしない）シリアル版の場合は，並列ノード指定部分を

!procx=2      !for Parallel version
!procy=2      !for Parallel version

のようにコメントを入れる．
OpenMP 並列については簡単で，環境変数 OMP_NUM_THREADS で数を指定するだけ．

MPI 並列計算あり †

mpirun がつくだけ.

mpirun -np 4 ./jagurs par=tsun.par # 2 x 2 の場合

公式doc には, OpemMP と MPI のハイブリッドジョブの実行例が書いてある.

可視化 †

計算結果の出力の grd ファイルは GMT で直接描けるようになっている．
平面分布の描画を適当にワンライナーで全部書くとすれば下記のような感じ．

# GMT 6
for f in SD*.grd; do echo $f; gmt begin "${f//\.grd/}" png; gmt makecpt -Cpolar -D ;gmt grdimage -JX10 -Baf -B+t$f -R$f -C $f ; gmt end;  done

# GMT 5
for f in SD*.grd; do gmt grdimage -JX10 -Baf -B+t$f -R$f -Cpolar -P $f > "${f//\.grd/\.ps}" ; done