Takuya Miyashita

エラーのログと対処 †

エラーの根本的な原因がわからないまま載せることが多いので，役には立たないかも．

GMT.jl の precompile error †

GMT.jl はコンパイル失敗しやすい．
ある時のエラー．

julia> using GMT: GMT
[ Info: Precompiling GMT [5752ebe1-31b9-557e-87aa-f909b540aa54]
ERROR: LoadError: failed process: Process(`grep libgdal`, ProcessExited(1)) [1]

libgdal が探せていない？下は失敗した GMT.jl のソース部分．

_GMTver, GMTbyConda, _libgmt, _libgdal, _libproj, _GMT_bindir = get_GMTver()

if (!GMTbyConda)		# In the other case (the non-existing ELSE branch) lib names already known at this point.
	_libgmt = haskey(ENV, "GMT_LIBRARY") ? ENV["GMT_LIBRARY"] : string(chop(read(`gmt --show-library`, String)))
	@static Sys.iswindows() ?
		(Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libgdal = "gdal_w64.dll") : (_libgdal = "gdal_w32.dll")) : (
			Sys.isapple() ? (_libgdal = string(split(readlines(pipeline(`otool -L $(_libgmt)`, `grep libgdal`))[1])[1])) : (
				Sys.isunix() ? (_libgdal = string(split(readlines(pipeline(`ldd $(_libgmt)`, `grep libgdal`))[1])[3])) :
				error("Don't know how to install this package in this OS.")
			)
		)
	@static Sys.iswindows() ?
		(Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libproj = "proj_w64.dll") : (_libproj = "proj_w32.dll")) : (
			Sys.isapple() ? (_libproj = string(split(readlines(pipeline(`otool -L $(_libgdal)`, `grep libproj`))[1])[1])) : (
				Sys.isunix() ? (_libproj = string(split(readlines(pipeline(`ldd $(_libgdal)`, `grep libproj`))[1])[3])) :
				error("Don't know how to use PROJ4 in this OS.")
			)
		)
end
const GMTver, libgmt, libgdal, libproj, GMT_bindir = _GMTver, _libgmt, _libgdal, _libproj, _GMT_bindir

これをもとに下記コマンドで何が出てくるかを確認．

ldd /usr/local/gmt/lib/libgmt.so | grep libgdal

どうやら，もともと libgmt.so に libgdal が検出できていなかった模様．
GMT をソースからビルドしたため，cmake で libgdal.so のパッケージが検出できるようにして，再度 GMT をインストールすることで解決．
または，直接 libgmt.so に libgdal.so の依存関係を追加してもよい．

$ patchelf --add-needed libgdal.so libgmt.so
$ ldd libgmt.so | grep libgdal.so
        libgdal.so => /usr/lib/libgdal.so (0x00007f8e8aae4000)

GMT.jl の makecpt，-D オプション †

バージョン
Julia v1.0.0
GMT v0.5.0
makecpt の -D オプションが反映されない問題．

using GMT:GMT
cpt = GMT.makecpt(C=:polar, T="-1.0/1.0", D=true, V=true)
GMT.gmt("write tmp.cpt",cpt);

で出力された tmp.cpt を見てみると，

-1	blue	0	white
0	white	1	red
B	black
F	white
N	127.5

となり，B, F に -D オプションの効果が入っていない．

（追記）issues #179で聞いたら GMT 自体のライブラリが原因らしい．
最新の GMT バージョンがリリースされたら適切に動くようになるかも．

現状では

cptfile = "tmp.cpt"
GMT.gmt("makecpt -Cpolar -T-1.0/1.0 -D -V > $cptfile")
cpt = GMT.gmt("read -Tc $cptfile")
run(`rm -f $cptfile`)

と一旦 gmt コマンドをそのまま実行し，read で読むと良い．

（さらに追記 2019/11）
GMT のバージョン6.0 をインストール後，これの libgmt.so を参照するようにしたら，-D オプションが機能した！
GMT の開発者さんありがとうございます．

registry dirty †

環境は Julia v1.0.3, Ubuntu 18.04 LTS．

(v1.0) pkg> update

をすると warning が出て

┌ Warning: Some registries failed to update:
  `~/.julia/registries/General` — registry dirty

と言われた．何が dirty なのかは不明．
Issuesを読んで該当箇所を git で修正したら出なくなった．

cd ~/.julia/registries/General
git fetch origin --prune
git checkout -- .
git reset --hard origin/master

curlのエラーによるパッケージのアップデート，ビルドのエラー †

バージョン: v1.0.0
Pkg.update や Pkg.build は curl でエラーが発生すると全部うまくいかない．エラーは下記の通り．

curl: (48) An unknown option was passed in to libcurl

Ubuntu/curl関係のエラーの修正をしたらビルド成功．

(謎) 数値の誤表示？ †

バージョン： v0.6.2

画像から．

値を変更せず，全く同じことをしているのに，

julia> ϕ[24,16,1]
8.099876.....

となるはずが1度だけ

julia> ϕ[24,16,1]
8.899876.....

になっている．

Juno 更新，Atom 再起動，Pkg.update の後に precompiling error †

バージョン： v0.6.2

Atom で Juno 更新，再起動，さらに Atom の REPL で

Pkg.update()

を実行した後，

using NetCDF

などを実行しようとしたら，途中でエラーが出現した．下はエラーメッセージ．

WARNING: Module Compat with uuid xxxxxxxxxxxxxx is missing from the cache.
This may mean module Compat does not support precompilation but is imported by a module that does.
ERROR: LoadError: Declaring __precompile__(false) is not allowed in files that are being precompiled.

issue #19017　や　discourse.julialang.org　にあることと同じようなもの．
REPL 再起動では直らず，Atom 再起動をしたらエラーがでなくなった．

Atom で Julia の REPL が起動できない †

バージョン： v0.6.2

Precompiling の HttpPaser のビルドで

curl -f -o /home/miyashita/.julia/v0.6/HttpParser/deps/downloads/v2.7.1.zip -L https://github.com/nodejs/http-parser/archive/v2.7.1.zip

が実行できず，Atom で REPL が起動できなかった．エラーは下の通り．

curl: (1) Protocol "https" not supported or disabled in libcurl

何かの際に curl を再インストールして，https からダウンロードできなくなっていた.
curl の設定を直して,

curl -V

で https が含まれているのを確認した後,再度 terminal から Julia を起動して

julia> Pkg.build("HttpParser")

をしたら正常に戻った．