エラーのログと対処

エラーの根本的な原因がわからないまま載せることが多いので,役には立たないかも.


GMT.jl の makecpt,-D オプション

バージョン
Julia v1.0.0
GMT v0.5.0 makecpt の -D オプションが反映されない問題.

using GMT:GMT
cpt = GMT.makecpt(C=:polar, T="-1.0/1.0", D=true, V=true)
GMT.gmt("write tmp.cpt",cpt);

で出力された tmp.cpt を見てみると,

-1	blue	0	white
0	white	1	red
B	black
F	white
N	127.5

となり,B, F に -D オプションの効果が入っていない.

(追記)issues #179で聞いたら GMT 自体のライブラリが原因らしい.
最新の GMT バージョンがリリースされたら適切に動くようになるかも.

現状では

cptfile = "tmp.cpt"
GMT.gmt("makecpt -Cpolar -T-1.0/1.0 -D -V > $cptfile")
cpt = GMT.gmt("read -Tc $cptfile")
run(`rm -f $cptfile`)

と一旦 gmt コマンドをそのまま実行し,read で読むと良い.

(さらに追記 2019/11)
GMT のバージョン6.0 をインストール後,これの libgmt.so を参照するようにしたら,-D オプションが機能した!
GMT の開発者さんありがとうございます.

registry dirty

環境は Julia v1.0.3, Ubuntu 18.04 LTS.

(v1.0) pkg> update

をすると warning が出て

┌ Warning: Some registries failed to update:
  `~/.julia/registries/General` — registry dirty

と言われた.何が dirty なのかは不明.
Issuesを読んで該当箇所を git で修正したら出なくなった.

cd ~/.julia/registries/General
git fetch origin --prune
git checkout -- .
git reset --hard origin/master


curlのエラーによるパッケージのアップデート,ビルドのエラー

バージョン: v1.0.0
Pkg.update や Pkg.build は curl でエラーが発生すると全部うまくいかない.エラーは下記の通り.

curl: (48) An unknown option was passed in to libcurl

Ubuntu/curl関係のエラーの修正をしたらビルド成功.

(謎) 数値の誤表示?

バージョン: v0.6.2

画像から.

error_num0.png

値を変更せず,全く同じことをしているのに,

julia> ϕ[24,16,1]
8.099876.....

となるはずが1度だけ

julia> ϕ[24,16,1]
8.899876.....

になっている.

Juno 更新,Atom 再起動,Pkg.update の後に precompiling error

バージョン: v0.6.2

Atom で Juno 更新,再起動,さらに Atom の REPL で

Pkg.update()

を実行した後,

using NetCDF

などを実行しようとしたら,途中でエラーが出現した.下はエラーメッセージ.

WARNING: Module Compat with uuid xxxxxxxxxxxxxx is missing from the cache.
This may mean module Compat does not support precompilation but is imported by a module that does.
ERROR: LoadError: Declaring __precompile__(false) is not allowed in files that are being precompiled.

issue #19017 や discourse.julialang.org にあることと同じようなもの.
REPL 再起動では直らず,Atom 再起動をしたらエラーがでなくなった.

Atom で Julia の REPL が起動できない

バージョン: v0.6.2

Precompiling の HttpPaser のビルドで

curl -f -o /home/miyashita/.julia/v0.6/HttpParser/deps/downloads/v2.7.1.zip -L https://github.com/nodejs/http-parser/archive/v2.7.1.zip

が実行できず,Atom で REPL が起動できなかった.エラーは下の通り.

curl: (1) Protocol "https" not supported or disabled in libcurl

何かの際に curl を再インストールして,https からダウンロードできなくなっていた.
curl の設定を直して,

curl -V

で https が含まれているのを確認した後,再度 terminal から Julia を起動して

julia> Pkg.build("HttpParser")

をしたら正常に戻った.


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Last-modified: 2019-11-14 (Thu) 02:15:28 (32d)