GMT のインストール †
GMT (Generic Mapping Tools) のインストール． 5 以降のバージョンの話．
sourceファイルからビルド †
GMT 本体以外のデータセット †
NetCDF4のインストールが済んでいないとおそらくインストールできない．cmake も必要．
sourceファイルのダウンロードは GMT Release Files から(本体はGitHubでも可)．
【追記 2020年11月】ダウンロードのサイトが変わっていた．Download - The Generic Mapping Tools から．
dcw-gmt-1.1.4.tar.gz
gmt-5.4.3-src.tar.gz # 本体
gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz
の3つの.tar.gzをダウンロードした．
dcw と gshhg については解凍したものを /opt/ に置き，リンクを貼っておいた．
tar -zxf dcw-gmt-1.1.4.tar.gz
tar -zxf gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz
sudo mv dcw-gmt-1.1.4 /opt/
sudo mv gshhg-gmt-2.3.7 /opt/
cd /opt
sudo ln -s dcw-gmt-1.1.4 dcw
sudo ln -s gshhg-gmt-2.3.7 gshhg
GMT 5 †
解凍した GMT 本体のソースディレクトリ内で以下のように cmake のファイルをコピーする．
tar -zxf gmt-5.4.4-src.tar.gz
cd gmt-5.4.4
cp -p cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake
次に，コピーした ConfigUser.cmake でインストールするパス等を指定する．
デフォルト設定がファイル内に書いてあるので，変更したい場合は set (HOGE 'HOGEHOGE')
となっている部分のコメントを外す．NetCDF4 のあるライブラリもここで定義する．
- cmake/ConfigUser.cmake
# コメントを外した箇所だけ記載．下記以外は変更なしで実行した
##
## Section 1: Installation paths
##
# Installation path (usually defaults to /usr/local) [auto]:
set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gmt")
##
## Section 2: Build dependencies (should only be needed if CMake cannot
## automatically detect the rights version or path.)
##
# Set path to GSHHG Shoreline Database [auto]:
set (GSHHG_ROOT "/opt/gshhg") # ここに解凍したGSHHGのファイルパスを書き込む
# Copy GSHHG files to $/coast [FALSE]:
set (COPY_GSHHG TRUE)
# Set path to DCW Digital Chart of the World for GMT [auto]:
set (DCW_ROOT "/opt/dcw") # ここに解凍したDCWのファイルパスを書き込む
# Copy DCW files to $/dcw [FALSE]:
set (COPY_DCW TRUE)
# Set location of NetCDF (can be root directory, path to header file or path
# to nc-config) [auto]:
set (NETCDF_ROOT "/usr/local/netcdf4") # NetCDF4の root, またはnc-configがある netcdf4/bin
NETCDF_ROOT は nc-config のパスが通っていれば自動で取得するので設定しなくても大丈夫．
このあと，
mkdir build && cd build
cmake ..
で preprocess が完了するはず．
あとはいつも通りにビルド，インストールを行う．
make
sudo make install
バージョン 6.0.0 でも方法は同じで問題なかった．
最後に，bin/gmt のシンボリックリンクをパスの通った場所に貼って完了．
$ gmt --version
5.4.4
で確認する．
GMT 6.1 †
GMT 6.1.1 をクラスターの自分の環境にインストールした．
基本的には GMT 5と同じ．
cmake のファイルに普通の Template と AdvancedTemplate が用意されていた．
cmake
├── ConfigDefault.cmake
├── ConfigUserAdvancedTemplate.cmake
├── ConfigUserTemplate.cmake
ConfigUserTemplate.cmake は GMT をインストールする prefix, gshhg と dcw のパスなど基本的な項目だけを指定する．
この設定を適用するためには GMT5 と同様に
cp -p cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake
とコピーして，コピーした ConfigUser.cmake を書き換える．
ConfigUserAdvancedTemplate.cmake はその他諸々の設定を行う．
同様にこれも ConfigUserAdvanced.cmake にコピーして編集する．
cp -p cmake/ConfigUserAdvancedTemplate cmake/ConfigUserAdvanced.cmake
NetCDF や FFTW を自動検出でなく，手動でパス指定したいときは以下の通り．
- cmake/ConfigUserAdvanced.cmake
##
## Section 2: Build dependencies (should only be needed if CMake cannot
## automatically detect the rights version or path.)
##
# Set URL to GMT Data server [auto]:
#set (GMT_DATA_SERVER "data_server_url")
# Set location of NetCDF (can be root directory, path to header file or path
# to nc-config) [auto]:
set (NETCDF_ROOT "/cluster_tools/build_gnu/netcdf-c-4.7.4")
# Set location of GDAL (can be root directory, path to header file or path to
# gdal-config) [auto]:
set (GDAL_ROOT "/home/miyashita/local/src/gdal-3.5.0/bin")
# Set location of GEOS (can be root directory, path to header file or path to
# geos-config) [auto]:
set (GEOS_ROOT "/home/miyashita/local/src/geos-3.5.2/bin")
# Set location of PCRE (can be root directory, path to header file or path to
# pcre-config) [auto]:
#set (PCRE_ROOT "pcre_install_prefix")
# Alternatively, set location of PCRE2 (can be root directory, path to header file or path to
# pcre2-config) [auto]:
#set (PCRE2_ROOT "pcre2_install_prefix")
# Set location of single precision FFTW (can be root directory or path to
# header file) [auto]:
set (FFTW3_ROOT "/home/miyashita/local/src/fftw-3.3.9")
あとはお決まりのパターン．
mkdir build && cd build
cmake ..
cmake のときに geos のパスを指定しても，include だけ反映されて lib の方は /usr/lib の方を参照してしまう事態が発生した．
その場合は下記のようにライブラリのパスを cmake のオプションで明記する．
cmake .. -DGEOS_LIBRARY:FILEPATH=/home/miyashita/local/src/geos-3.5.2/lib/libgeos_c.so
その後は通常の make の流れ．
make
make install
今回は自分の local のインストールなので make install に sudo は不要．
実は，apt で gmt 本体はインストールせず下のように dcw や gshhg だけを apt 経由でインストールすれば，ソースから gmt 本体をコンパイルする時に勝手に見つけてくれるっぽい．
sudo apt install gmt-dcw gmt-gshhg gmt-gshhg-full gmt-gshhg-high gmt-gshhg-low
この場合 dcw や gshhg は /usr/share/ に入る．
GMT 6.5.0 †
6.1と同様に cmake にあるテンプレートをコピーして，各種ライブラリの場所を見る．
cp -p ConfigUserTemplate.cmake ConfigUser.cmake
cp -p ConfigUserAdvancedTemplate.cmake ConfigUserAdvanced.cmake
以下は研究室のクラスター計算機で設定したときのファイルの編集．
- ConfigUser.cmake
# 1. Installation path (usually defaults to /usr/local) [auto]:
set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/home/miyashita/local")
# 3a. Set full path to the GSHHG Shoreline Database directory [auto]:
set (GSHHG_ROOT "/cluster_tools/utility/gshhg-gmt-2.3.7")
# 3b. Copy GSHHG files to ${GMT_DATADIR}/coast [TRUE]?:
#set (COPY_GSHHG FALSE)
# 4a. Set full path to the DCW Digital Chart of the World for GMT directory [auto]:
set (DCW_ROOT "/cluster_tools/utility/dcw-gmt-2.0.0")
# 4b. Copy DCW files to ${GMT_DATADIR}/dcw [TRUE]?:
#set (COPY_DCW FALSE)
- ConfigUserAdvanced.cmake
# Set location of GDAL (can be root directory, path to header file or path to
# gdal-config) [auto]:
set (GDAL_ROOT "/cluster_tools/build_gnu/gdal-3.4.1")
# Set location of single precision FFTW (can be root directory or path to
# header file) [auto]:
set (FFTW3_ROOT "/home/miyashita/local")
なんとか-config 系のコマンドや pkgconfig のパスがしっかりしている場合は，ここで指定しなくても勝手に見つけてくれるはず．
cmake のファイルの中でちゃんと場所を指定しても libfftw3f.so のシンボリックリンクがなくて libfftw3f.so.3 しかない場合に NOT FOUND になるのがよくあるので，シンボリックリンクを作成したりした．
あとは cmake コマンドでなんとかする．
mkdir build
cd build
cmake ..
Ninja というビルドツールがあると
cmake .. -G Ninja
としたほうが速く終わるらしい．なくても可．
cmake --build .
cmake --build . --target install
バイナリをインストール †
こちらは NetCDF4 がなくてもインストールできた．
もちろん pscoast や grdview などは NetCDF4 がインストールされていないと使えない.
sudo apt install gmt gmt-doc gmt-dcw gmt-gshhg gmt-gshhg-full gmt-gshhg-high gmt-gshhg-low
この方法を採用すると，
/usr/bin/gmt # gmtのバイナリ実行ファイル
/usr/share/gmt-dcw # dcw
/usr/share/gmt-gshhg # gshhg
の構成になる．
