Takuya Miyashita

HDF5のインストール †

はじめに †

各種インストールに際して

make install

などと表記しているが，パス(prefix の指定場所)やユーザー(root)によっては sudo が不要なので，都合に応じて変更することに注意されたい．

zlib,szipのインストール †

C と Fortran のコンパイラを指す環境変数 CC と FC は事前に定義しておくものとする．configure コマンドと同時に定義してもよい．

CC=gcc
FC=gfortran

HDF5のインストールの前に zlib と szip をインストールする．
zlib のページのリンクから zlib のソースをダウンロードできる．
ダウンロード後は解凍してインストールを実行する．
tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば下記の通り．

tar zxf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure　--prefix=$HOME/local
make
make install

szip についても同様に行う．ソースは SZIP Compression in HDF Products の "SZIP Source Code" から．

tar zxf szip-2.1.1.tar.gz 
cd szip-2.1.1/
./configure --prefix=$HOME/local
make && make install # &&で繋いでも良い

最近は cmake と使ってインストールするのが流行り？のようなので， cmake を使う方法も．

cd zlib-1.2.11
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/zlib-1.2.11
make 
make install

cd szip-2.1.1
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/szip-2.1.1
make 
make install

HDF5のインストール †

The HDF5 Group のページから，HDF5 のソースをダウンロードできる．
追記：管理されているウェブサイトが変更になった．ソースは HDF SUPPORT PORTAL の Downloads から．
configure をする前に，pthread.h, libthread.so があるか確認する．

locate pthread.h
 /usr/include/pthread.h
locate libpthread.so
 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/

↑のパスが一般に参照可能であるならば，次の ./configure での --with-pthread は不要と思われる．

次に，いつも通り tar.gz を解凍後，上の pthread 関連のパスを確認して configure で指定する．
with-package　のところは実際に自分のインストールした szip や zlib の場所を指定する．
szip は with-szip= ではなくて with-szlib= となるらしい．

tar -zxf hdf5-1.x.x
cd hdf5-1.x.x
./configure --prefix=$HOME/local/src/hdf5-1.x.x --enable-fortran \
                    --with-szlib=$HOME/local/src/szip-2.1.1 \ # 環境に応じてパスを修正，以降も同じ
                    --with-zlib=$HOME/local/src/zlib-1.12.1

また，バージョンごとに分ける必要性を感じなければ，hdf5 の prefix も /hogehoge/hdf5 などで良いかも．
オプションの --enable-hl や --enable-shared はデフォルトで on になっているバージョンが多いので省略．
他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが，今の所自分に C++ は必須でなく，最新パッケージに対応した環境構築が面倒くさそうだったので諦めた．
C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆使する．

configure を実行したら，make と make install で完了．コンパイル中 warning がたくさん出たけど無視した．

make
make check # 結構長い時間がかかる
make install

FC が ifort の場合で root で make install する場合は root にも ifort のパスが通っているかを確認する．

エラー，ハマったこと †

ifort 18.0.1 と，HDF-1.10.1 では，make のコンパイル中にエラーが発生した．内容はここに書いてあることとほぼ同じだった．エラーメッセージは

Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not appear in a COMMON block.

common ブロックと equivalence の問題らしい．
わからないままだったので，バージョンを下げて HDF5-1.8.20 でコンパイルすることにした．問題なくインストールできた．

sudo make か root で make をする時は，ifort が root のパスにも入っているかを確認する．