#author("2022-06-27T17:47:35+09:00","default:Miyashita","Miyashita")
#author("2022-06-27T17:48:48+09:00","default:Miyashita","Miyashita")
*GMT のインストール [#y6a8f240]
#contents
~
GMT (Generic Mapping Tools) のインストール. 5 以降のバージョンの話.
~

**sourceファイルからビルド [#v3e40c01]
***GMT 本体以外のデータセット [#g703a68d]
[[NetCDF4のインストール>../Install_NetCDF]]が済んでいないとおそらくインストールできない.cmake も必要.~
sourceファイルのダウンロードは [[GMT Release Files>http://gmt.soest.hawaii.edu/projects/gmt/wiki/Download]] から(本体は[[GitHub>https://github.com/GenericMappingTools/gmt]]でも可).~
【追記 2020年11月】ダウンロードのサイトが変わっていた.[[Download - The Generic Mapping Tools>https://www.generic-mapping-tools.org/download/]] から.~
 dcw-gmt-1.1.4.tar.gz
 gmt-5.4.3-src.tar.gz # 本体
 gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz
の3つの.tar.gzをダウンロードした.~
dcw と gshhg については解凍したものを /opt/ に置き,リンクを貼っておいた.
#codeprettify{{
tar -zxf dcw-gmt-1.1.4.tar.gz
tar -zxf gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz
sudo mv dcw-gmt-1.1.4 /opt/
sudo mv gshhg-gmt-2.3.7 /opt/
cd /opt
sudo ln -s dcw-gmt-1.1.4 dcw
sudo ln -s gshhg-gmt-2.3.7 gshhg
}}
~
~

*** GMT 5 [#yd36f5f1]
解凍した GMT 本体のソースディレクトリ内で以下のように cmake のファイルをコピーする.
#codeprettify{{
tar -zxf gmt-5.4.4-src.tar.gz
cd gmt-5.4.4
cp -p cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake
}}
次に,コピーした ConfigUser.cmake でインストールするパス等を指定する.~
デフォルト設定がファイル内に書いてあるので,変更したい場合は set (HOGE 'HOGEHOGE')
となっている部分のコメントを外す.NetCDF4 のあるライブラリもここで定義する.~

-cmake/ConfigUser.cmake
#codeprettify{{
# コメントを外した箇所だけ記載.下記以外は変更なしで実行した

##
## Section 1: Installation paths
##

# Installation path (usually defaults to /usr/local) [auto]: 
set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gmt") 

##
## Section 2: Build dependencies (should only be needed if CMake cannot
## automatically detect the rights version or path.)
##

# Set path to GSHHG Shoreline Database [auto]:
set (GSHHG_ROOT "/opt/gshhg") # ここに解凍したGSHHGのファイルパスを書き込む

# Copy GSHHG files to $/coast [FALSE]:
set (COPY_GSHHG TRUE)

# Set path to DCW Digital Chart of the World for GMT [auto]:
set (DCW_ROOT "/opt/dcw") # ここに解凍したDCWのファイルパスを書き込む

# Copy DCW files to $/dcw [FALSE]:
set (COPY_DCW TRUE)

# Set location of NetCDF (can be root directory, path to header file or path
# to nc-config) [auto]:
set (NETCDF_ROOT "/usr/local/netcdf4") # NetCDF4の root, またはnc-configがある netcdf4/bin
}}
NETCDF_ROOT は nc-config のパスが通っていれば自動で取得するので設定しなくても大丈夫.~
~

このあと, 
#codeprettify{{
mkdir build && cd build
cmake ..
}}
で preprocess が完了するはず.~
あとはいつも通りにビルド,インストールを行う.
#codeprettify{{
make
sudo make install
}}
バージョン 6.0.0 でも方法は同じで問題なかった.~
最後に,bin/gmt のシンボリックリンクをパスの通った場所に貼って完了.
#codeprettify{{
$ gmt --version
5.4.4
}}
で確認する.
~
~
~

*** GMT 6.1 [#h9133178]
GMT 6.1.1 をクラスターの自分の環境にインストールした.~
基本的には GMT 5と同じ.~
cmake のファイルに普通の Template と AdvancedTemplate が用意されていた.~
 cmake
 ├── ConfigDefault.cmake
 ├── ConfigUserAdvancedTemplate.cmake
 ├── ConfigUserTemplate.cmake
~
ConfigUserTemplate.cmake は GMT をインストールする prefix, gshhg と dcw のパスなど基本的な項目だけを指定する.~
この設定を適用するためには GMT5 と同様に
#codeprettify{{
cp -p cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake
}}
とコピーして,コピーした ConfigUser.cmake を書き換える.~
-cmake/ConfigUser.cmake
#codeprettify{{
# 1.  Installation path (usually defaults to /usr/local) [auto]:
set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/home/miyashita/local/gmt-6.1.1")

# 2.  Install convenience links for GMT modules.  Uncomment to make direct links
#     to modules so you can run "module options" without the leading "gmt" [FALSE]:
#set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS TRUE)

# 3a. Set full path to the GSHHG Shoreline Database directory [auto]:
set (GSHHG_ROOT "/cluster_tools/utility/gshhg-gmt-2.3.7")
# 3b. Copy GSHHG files to ${GMT_DATADIR}/coast [TRUE]?:
#set (COPY_GSHHG FALSE)

# 4a. Set full path to the DCW Digital Chart of the World for GMT directory [auto]:
set (DCW_ROOT "/cluster_tools/utility/dcw-gmt-2.0.0")
# 4b. Copy DCW files to ${GMT_DATADIR}/dcw [TRUE]?:
#set (COPY_DCW FALSE)
}}
~


ConfigUserAdvancedTemplate.cmake はその他諸々の設定を行う.~
同様にこれも ConfigUserAdvanced.cmake にコピーして編集する.
#codeprettify{{
cp -p cmake/ConfigUserAdvancedTemplate cmake/ConfigUserAdvanced.cmake
}}
NetCDF や FFTW を自動検出でなく,手動でパス指定したいときは以下の通り.
-cmake/ConfigUserAdvanced.cmake
#codeprettify{{
##
## Section 2: Build dependencies (should only be needed if CMake cannot
## automatically detect the rights version or path.)
##

# Set URL to GMT Data server [auto]:
#set (GMT_DATA_SERVER "data_server_url")

# Set location of NetCDF (can be root directory, path to header file or path
# to nc-config) [auto]:
set (NETCDF_ROOT "/cluster_tools/build_gnu/netcdf-c-4.7.4")

# Set location of GDAL (can be root directory, path to header file or path to
# gdal-config) [auto]:
#set (GDAL_ROOT "/home/miyashita/local/src/gdal-3.5.0/bin")
set (GDAL_ROOT "/home/miyashita/local/src/gdal-3.5.0/bin")

# Set location of GEOS (can be root directory, path to header file or path to
# geos-config) [auto]:
#set (GEOS_ROOT "/home/miyashita/local/src/geos-3.5.2/bin")
set (GEOS_ROOT "/home/miyashita/local/src/geos-3.5.2/bin")

# Set location of PCRE (can be root directory, path to header file or path to
# pcre-config) [auto]:
#set (PCRE_ROOT "pcre_install_prefix")
# Alternatively, set location of PCRE2 (can be root directory, path to header file or path to
# pcre2-config) [auto]:
#set (PCRE2_ROOT "pcre2_install_prefix")

# Set location of single precision FFTW (can be root directory or path to
# header file) [auto]:
set (FFTW3_ROOT "/home/miyashita/local/src/fftw-3.3.9")

}}
~

あとはお決まりのパターン.
#codeprettify{{
mkdir build && cd build
cmake .. 
}}
cmake のときに geos のパスを指定しても,include だけ反映されて lib の方は /usr/lib の方を参照してしまう事態が発生した.~
その場合は
その場合は下記のようにライブラリのパスを cmake のオプションで明記する.~
#codeprettify{{
cmake .. -DGEOS_LIBRARY:FILEPATH=/home/miyashita/local/src/geos-3.5.2/lib/libgeos_c.so
}}
でライブラリのパスを cmake のオプションで明記する.~
以下はいつものコマンド.
その後は通常の make の流れ.
#codeprettify{{
make
make install
}}
今回は自分の local のインストールなので make install に sudo は不要.
~

実は,apt で gmt 本体はインストールせず下のように dcw や gshhg だけを apt 経由でインストールすれば,ソースから gmt 本体をコンパイルする時に勝手に見つけてくれるっぽい.~
#codeprettify{{
sudo apt install gmt-dcw gmt-gshhg gmt-gshhg-full gmt-gshhg-high gmt-gshhg-low
}}
この場合 dcw や gshhg は /usr/share/ に入る.
~
~
~

**バイナリをインストール[#b941f02b]
こちらは NetCDF4 がなくてもインストールできた.~
もちろん pscoast や grdview などは NetCDF4 がインストールされていないと使えない.
#codeprettify{{
sudo apt install gmt gmt-doc gmt-dcw gmt-gshhg gmt-gshhg-full gmt-gshhg-high gmt-gshhg-low
}}
この方法を採用すると,
#codeprettify{{
/usr/bin/gmt # gmtのバイナリ実行ファイル
/usr/share/gmt-dcw # dcw
/usr/share/gmt-gshhg # gshhg
}}
の構成になる.~

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