Takuya Miyashita

Start:
*HDF5のインストール [#oa169485] #contents ~ **はじめに [#pad9e72b] 各種インストールに際して #codeprettify{{ sudo make install }} などと表記しているが，パス(prefix の指定場所)やユーザー(r... ~ **zlib,szipのインストール [#q635c41a] [[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから，それぞ... ダウンロード後は解凍してインストールを実行する．~ tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば， #codeprettify{{ tar -zxf zlib-1.2.11.tar.gz cd -zxf zlib-1.2.11 ./configure　--prefix=/usr/local make sudo make install }} szip についても同様に行う．ソースは [[SZIP Compression in... #codeprettify{{ tar -zxf szip-2.1.1.tar.gz cd szip-2.1.1/ ./configure --prefix=/usr/local make && sudo make install # &&で繋いでも良い }} ~ **HDF5のインストール [#v8d455c9] The HDF5 Group のページから，HDF5 のソースをダウンロード... 追記：管理されているウェブサイトが変更になった．ソースは ... ~ configure をする前に，pthread.h, libthread.so があるか確... #codeprettify{{ locate pthread.h /usr/include/pthread.h locate libpthread.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ }} ↑のパスが一般に参照可能であるならば，次の ./configure で... ~ 次に，いつも通り tar.gz を解凍後，上の pthread 関連のパス... #codeprettify{{ tar -zxf hdf5-1.X.X cd hdf5-1.X.X ./configure --enable-fortran --enable-hl --enable-shared \ --prefix=/usr/local/hdf5-1.X.X \ # 環境に応じ... --enable-unsupported --enable-threadsafe --wi... }} スレッドセーフ(--enable-threadsafe)とする場合は --enable-... バージョンごとに分ける必要性を感じなければ，hdf5 の prefi... ~ 他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが，今の所... C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆... ~ configure を実行したら，make と make install で完了．コン... #codeprettify{{ make make check # 結構長い時間がかかる sudo make install }} FC が ifort の場合は root にも ifort のパスが通っているか... ~ ~ ***エラー，ハマったこと [#q6398052] ifort 18.0.1 と，HDF-1.10.1 では，make のコンパイル中にエ... Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a... common ブロックと equivalence の問題らしい．~ わからないままだったので，バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ... sudo make か root で make をする時は，ifort が root のパ...

End:
*HDF5のインストール [#oa169485] #contents ~ **はじめに [#pad9e72b] 各種インストールに際して #codeprettify{{ sudo make install }} などと表記しているが，パス(prefix の指定場所)やユーザー(r... ~ **zlib,szipのインストール [#q635c41a] [[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから，それぞ... ダウンロード後は解凍してインストールを実行する．~ tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば， #codeprettify{{ tar -zxf zlib-1.2.11.tar.gz cd -zxf zlib-1.2.11 ./configure　--prefix=/usr/local make sudo make install }} szip についても同様に行う．ソースは [[SZIP Compression in... #codeprettify{{ tar -zxf szip-2.1.1.tar.gz cd szip-2.1.1/ ./configure --prefix=/usr/local make && sudo make install # &&で繋いでも良い }} ~ **HDF5のインストール [#v8d455c9] The HDF5 Group のページから，HDF5 のソースをダウンロード... 追記：管理されているウェブサイトが変更になった．ソースは ... ~ configure をする前に，pthread.h, libthread.so があるか確... #codeprettify{{ locate pthread.h /usr/include/pthread.h locate libpthread.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ }} ↑のパスが一般に参照可能であるならば，次の ./configure で... ~ 次に，いつも通り tar.gz を解凍後，上の pthread 関連のパス... #codeprettify{{ tar -zxf hdf5-1.X.X cd hdf5-1.X.X ./configure --enable-fortran --enable-hl --enable-shared \ --prefix=/usr/local/hdf5-1.X.X \ # 環境に応じ... --enable-unsupported --enable-threadsafe --wi... }} スレッドセーフ(--enable-threadsafe)とする場合は --enable-... バージョンごとに分ける必要性を感じなければ，hdf5 の prefi... ~ 他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが，今の所... C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆... ~ configure を実行したら，make と make install で完了．コン... #codeprettify{{ make make check # 結構長い時間がかかる sudo make install }} FC が ifort の場合は root にも ifort のパスが通っているか... ~ ~ ***エラー，ハマったこと [#q6398052] ifort 18.0.1 と，HDF-1.10.1 では，make のコンパイル中にエ... Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a... common ブロックと equivalence の問題らしい．~ わからないままだったので，バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ... sudo make か root で make をする時は，ifort が root のパ...

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