Takuya Miyashita
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Start:
*HDF5のインストール [#oa169485]
#contents
~
**はじめに [#pad9e72b]
各種インストールに際して
#codeprettify{{
sudo make install
}}
などと表記しているが,パス(prefix の指定場所)やユーザー(r...
~
**zlib,szipのインストール [#q635c41a]
[[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから,それぞ...
ダウンロード後は解凍してインストールを実行する.~
tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば,
#codeprettify{{
tar -zxf zlib-1.2.11.tar.gz
cd -zxf zlib-1.2.11
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
}}
szip についても同様に行う.ソースは [[SZIP Compression in...
#codeprettify{{
tar -zxf szip-2.1.1.tar.gz
cd szip-2.1.1/
./configure --prefix=/usr/local
make && sudo make install # &&で繋いでも良い
}}
~
**HDF5のインストール [#v8d455c9]
The HDF5 Group のページから,HDF5 のソースをダウンロード...
追記:管理されているウェブサイトが変更になった.ソースは ...
~
configure をする前に,pthread.h, libthread.so があるか確...
#codeprettify{{
locate pthread.h
/usr/include/pthread.h
locate libpthread.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/
}}
↑のパスが一般に参照可能であるならば,次の ./configure で...
~
次に,いつも通り tar.gz を解凍後,上の pthread 関連のパス...
#codeprettify{{
tar -zxf hdf5-1.X.X
cd hdf5-1.X.X
./configure --enable-fortran --enable-hl --enable-shared \
--prefix=/usr/local/hdf5-1.X.X \ # 環境に応じ...
--enable-unsupported --enable-threadsafe --wi...
}}
スレッドセーフ(--enable-threadsafe)とする場合は --enable-...
バージョンごとに分ける必要性を感じなければ,hdf5 の prefi...
~
他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが,今の所...
C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆...
~
configure を実行したら,make と make install で完了.コン...
#codeprettify{{
make
make check # 結構長い時間がかかる
sudo make install
}}
FC が ifort の場合は root にも ifort のパスが通っているか...
~
~
***エラー,ハマったこと [#q6398052]
ifort 18.0.1 と,HDF-1.10.1 では,make のコンパイル中にエ...
Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a...
common ブロックと equivalence の問題らしい.~
わからないままだったので,バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ...
sudo make か root で make をする時は,ifort が root のパ...
End:
*HDF5のインストール [#oa169485]
#contents
~
**はじめに [#pad9e72b]
各種インストールに際して
#codeprettify{{
sudo make install
}}
などと表記しているが,パス(prefix の指定場所)やユーザー(r...
~
**zlib,szipのインストール [#q635c41a]
[[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから,それぞ...
ダウンロード後は解凍してインストールを実行する.~
tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば,
#codeprettify{{
tar -zxf zlib-1.2.11.tar.gz
cd -zxf zlib-1.2.11
./configure --prefix=/usr/local
make
sudo make install
}}
szip についても同様に行う.ソースは [[SZIP Compression in...
#codeprettify{{
tar -zxf szip-2.1.1.tar.gz
cd szip-2.1.1/
./configure --prefix=/usr/local
make && sudo make install # &&で繋いでも良い
}}
~
**HDF5のインストール [#v8d455c9]
The HDF5 Group のページから,HDF5 のソースをダウンロード...
追記:管理されているウェブサイトが変更になった.ソースは ...
~
configure をする前に,pthread.h, libthread.so があるか確...
#codeprettify{{
locate pthread.h
/usr/include/pthread.h
locate libpthread.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/
}}
↑のパスが一般に参照可能であるならば,次の ./configure で...
~
次に,いつも通り tar.gz を解凍後,上の pthread 関連のパス...
#codeprettify{{
tar -zxf hdf5-1.X.X
cd hdf5-1.X.X
./configure --enable-fortran --enable-hl --enable-shared \
--prefix=/usr/local/hdf5-1.X.X \ # 環境に応じ...
--enable-unsupported --enable-threadsafe --wi...
}}
スレッドセーフ(--enable-threadsafe)とする場合は --enable-...
バージョンごとに分ける必要性を感じなければ,hdf5 の prefi...
~
他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが,今の所...
C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆...
~
configure を実行したら,make と make install で完了.コン...
#codeprettify{{
make
make check # 結構長い時間がかかる
sudo make install
}}
FC が ifort の場合は root にも ifort のパスが通っているか...
~
~
***エラー,ハマったこと [#q6398052]
ifort 18.0.1 と,HDF-1.10.1 では,make のコンパイル中にエ...
Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a...
common ブロックと equivalence の問題らしい.~
わからないままだったので,バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ...
sudo make か root で make をする時は,ifort が root のパ...
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