Takuya Miyashita

Start:
*HDF5のインストール [#oa169485] #contents ~ **はじめに [#pad9e72b] 各種インストールに際して #codeprettify{{ make install }} などと表記しているが，パス(prefix の指定場所)やユーザー(r... ~ **zlib,szipのインストール [#q635c41a] C と Fortran のコンパイラを指す環境変数 CC と FC は事前に... #codeprettify{{ CC=gcc FC=gfortran }} ~ HDF5のインストールの前に zlib と szip をインストールする．~ [[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから zlib の... ダウンロード後は解凍してインストールを実行する．~ tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば下記の通り． #codeprettify{{ tar zxf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure　--prefix=$HOME/local make make install }} szip についても同様に行う．ソースは [[SZIP Compression in... #codeprettify{{ tar zxf szip-2.1.1.tar.gz cd szip-2.1.1/ ./configure --prefix=$HOME/local make && make install # &&で繋いでも良い }} ~ 最近は cmake と使ってインストールするのが流行り？のような... #codeprettify{{ cd zlib-1.2.11 mkdir build && cd build cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/zlib-1.2.11 make make install }} #codeprettify{{ cd szip-2.1.1 mkdir build && cd build cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/szip-2.1.1 make make install }} ~ **HDF5のインストール [#v8d455c9] The HDF5 Group のページから，HDF5 のソースをダウンロード... 追記：管理されているウェブサイトが変更になった．ソースは ... ~ configure をする前に，pthread.h, libthread.so があるか確... #codeprettify{{ locate pthread.h /usr/include/pthread.h locate libpthread.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ }} ↑のパスが一般に参照可能であるならば，次の ./configure で... ~ 次に，いつも通り tar.gz を解凍後，上の pthread 関連のパス... with-package　のところは実際に自分のインストールした szip... szip は with-szip= ではなくて with-szlib= となるらしい． #codeprettify{{ tar -zxf hdf5-1.x.x cd hdf5-1.x.x ./configure --prefix=$HOME/local/src/hdf5-1.x.x --enable-... --with-szlib=$HOME/local/src/szip-2.1... --with-zlib=$HOME/local/src/zlib-1.12.1 }} また，バージョンごとに分ける必要性を感じなければ，hdf5 の... オプションの --enable-hl や --enable-shared はデフォルト... ~ 他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが，今の所... C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆... ~ configure を実行したら，make と make install で完了．コン... #codeprettify{{ make make check # 結構長い時間がかかる make install }} FC が ifort の場合で root で make install する場合は root... ~ ~ ***エラー，ハマったこと [#q6398052] ifort 18.0.1 と，HDF-1.10.1 では，make のコンパイル中にエ... Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a... common ブロックと equivalence の問題らしい．~ わからないままだったので，バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ... sudo make か root で make をする時は，ifort が root のパ...

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*HDF5のインストール [#oa169485] #contents ~ **はじめに [#pad9e72b] 各種インストールに際して #codeprettify{{ make install }} などと表記しているが，パス(prefix の指定場所)やユーザー(r... ~ **zlib,szipのインストール [#q635c41a] C と Fortran のコンパイラを指す環境変数 CC と FC は事前に... #codeprettify{{ CC=gcc FC=gfortran }} ~ HDF5のインストールの前に zlib と szip をインストールする．~ [[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから zlib の... ダウンロード後は解凍してインストールを実行する．~ tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば下記の通り． #codeprettify{{ tar zxf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure　--prefix=$HOME/local make make install }} szip についても同様に行う．ソースは [[SZIP Compression in... #codeprettify{{ tar zxf szip-2.1.1.tar.gz cd szip-2.1.1/ ./configure --prefix=$HOME/local make && make install # &&で繋いでも良い }} ~ 最近は cmake と使ってインストールするのが流行り？のような... #codeprettify{{ cd zlib-1.2.11 mkdir build && cd build cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/zlib-1.2.11 make make install }} #codeprettify{{ cd szip-2.1.1 mkdir build && cd build cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/szip-2.1.1 make make install }} ~ **HDF5のインストール [#v8d455c9] The HDF5 Group のページから，HDF5 のソースをダウンロード... 追記：管理されているウェブサイトが変更になった．ソースは ... ~ configure をする前に，pthread.h, libthread.so があるか確... #codeprettify{{ locate pthread.h /usr/include/pthread.h locate libpthread.so /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ }} ↑のパスが一般に参照可能であるならば，次の ./configure で... ~ 次に，いつも通り tar.gz を解凍後，上の pthread 関連のパス... with-package　のところは実際に自分のインストールした szip... szip は with-szip= ではなくて with-szlib= となるらしい． #codeprettify{{ tar -zxf hdf5-1.x.x cd hdf5-1.x.x ./configure --prefix=$HOME/local/src/hdf5-1.x.x --enable-... --with-szlib=$HOME/local/src/szip-2.1... --with-zlib=$HOME/local/src/zlib-1.12.1 }} また，バージョンごとに分ける必要性を感じなければ，hdf5 の... オプションの --enable-hl や --enable-shared はデフォルト... ~ 他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが，今の所... C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆... ~ configure を実行したら，make と make install で完了．コン... #codeprettify{{ make make check # 結構長い時間がかかる make install }} FC が ifort の場合で root で make install する場合は root... ~ ~ ***エラー，ハマったこと [#q6398052] ifort 18.0.1 と，HDF-1.10.1 では，make のコンパイル中にエ... Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a... common ブロックと equivalence の問題らしい．~ わからないままだったので，バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ... sudo make か root で make をする時は，ifort が root のパ...

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