Takuya Miyashita

Start:
*NetCDFのインストール [#l1e09ee5] #contents **注意点 [#xa09b246] 個人で使う PC なら通常 /usr/local/ や の中にインストール... このため，環境変数が root でも適切に設定されているかを事... 特に .bashrc でパスの追加をしている場合は，root の .bashr... インストール前に root で ifort が実行できるか（パスが通っ... ~ また，依存関係エラーの可能性を高めるので，バージョン更新... NetCDF4 のライブラリを使用するソフトウェア（例えば GMT ）... ~ **NetCDF4 [#f4f19494] ***環境変数 [#j996e58a] インストールを行う前に，環境に合わせてコンパイラを指定す... GNU　(gfortran, gcc)を使うのであれば， #codeprettify{{ export FC=gfortran export CC=gcc }} PGI　なら #codeprettify{{ export FC=pgf90 export CC=pgcc }} Intel　なら #codeprettify{{ export FC=ifort export CC=icc # icc で実行可能かは未確認 }} ~ NetCDF4 のインストールには，事前に[[HDF5のインストール>..... パスが設定されていないと configure の時点で失敗するので，... HDF5が/usr/local/hdf5 にあるとして，(ユーザーはrootで) #codeprettify{{ export CPATH=/usr/local/hdf5/include:$CPATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH }} ~ ~ ***NetCDF-C [#n84b61cf] [[NetCDF Downloads>https://www.unidata.ucar.edu/downloads... #codeprettify{{ tar -zxf netcdf-c-4.X.X cd netcdf-c-4.X.X }} または，GitHub からリポジトリをクローンする．ただしこれは... #codeprettify{{ git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c cd netcdf-c git checkout v4.6.0 }} 更新の時は #codeprettify{{ git checkout v4.6.1 }} とする．~ #codeprettify{{ export NCDIR=/usr/local/netcdf-c-4.X.X ./configure --prefix=${NCDIR} --enable-shared }} NetCDF4 の configure は --with-xxx= のようなオプションが... 事前にインストールしておいた HDF5 や SZIP などのライブラ... とりあえず思考停止で，必要そうなものは CPATH と LD_LIBRAR... 成功したらコンパイル． #codeprettify{{ make make check sudo make install }} インストール先を /usr/ などの root しか権限がない場所に指... ~ ~ -エラーその1~ laptop では build(make) の際にエラーになった．エラー内容... undefined reference to `curl_easy_init' undefined reference to `curl_easy_setup' curl のライブラリをうまくリンクできていないようだったので， #codeprettify{{ locate libcurl }} で libcurl の場所を確認して，LDFLAGS につけ足した．~ ~ -エラーその2~ また別の時に再インストールしようとすると， /usr/bin/ld: indent.o: relocation R_X86_64_32S against `... /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section... というエラーが出たので，一度 clean をしてから #codeprettify{{ export CFLAGS=-fPIC }} を新たに定義して上記の操作をやり直したら成功．~ ~ -参考1 [[Getting and Building netCDF>https://www.unidata.... -参考2 [[Running the configure Script>https://www.unidata... ~ ~ ~ ***NetCDF-Fortran [#h1e5540b] ここでは，NetCDF-Fortranも NetCDF-C と同じディレクトリに... どちらもバージョンを更新せず，もしするなら新たな場所にど... ~ まず，NetCDF4-C のインストールで得た nc-config というコマ... #codeprettify{{ cd /usr/local/bin ln -s ../netcdf-c-4.x.x/bin/nc-config nc-config # シンボ... nc-config --prefix # 確認 実行できなかったら正しくパスが... }} 次に，NetCDF4-C と同様に [[NetCDF Downloads>https://www.u... #codeprettify{{ git clone https://github.com/Unidata/netcdf-fortran cd netcdf-fortran git checkout v4.4.4 }} コンパイルの前に環境変数を設定しておく． #codeprettify{{ su export CC=gcc export FC=gfortran }} #codeprettify{{ export NCDIR=$(nc-config --prefix) export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:$(nc-config --l... # or LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${NCDIR}/lib }} 既にインストールされているNetCDF-Cのライブラリのパスやpre... #codeprettify{{ export CPPFLAGS=$(nc-config --cflags) export LDFLAGS=$(nc-config --libs) #export CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include # 上の代替方法 #export LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib # 上の代替方法 export NFDIR=${NCDIR} ./configure --prefix=${NFDIR} --disable-fortran-type-check make check make install }} インストール後は bin に nf-config を入れておく． #codeprettify{{ cd /usr/local/bin sudo ln -s ../netcdf4-c-4.6.1/bin/nf-config nf-config }} ~ .bashrc では下記のように書いておく．~ #codeprettify{{ # NetCDF 4 export NETCDF_CONFIG=$(nc-config) export NETCDF_ROOT="$(${NETCDF_CONFIG} --prefix)" export NETCDF_F_CONFIG=$(nf-config) export NETCDF_F_ROOT="$(${NETCDF_F_CONFIG} --prefix)" export LD_LIBRARY_PATH="${NETCDF_ROOT}/lib":${LD_LIBRARY_... }} ~ ~ -エラーその1 (netcdf-fortran-4.4.5)~ netcdf-fortran-4.4.5 をコンパイルする時のエラー． nf_test/ftst_rengrps.F 内で #codeprettify(lang-fortran){{ implicit none include "netcdf.inc" }} と 1-column ずれており，旧形式の FORTRAN では 7-column 目... 1つスペースを入れる修正が必要．~ 修正してPR送ろうと思ったら既に[[issue#192>https://github.... ~ -注意点~ 既に conda が入っていてその中の nc-config にパスが通って... 最初に which nc-config で確認した方が良い．~ ~ ~ **NetCDF3.6.3 [#aed9f6a9] &color(red){使われなくなってきたのでもう基本的にインスト... netcdf-3.6.3.tar.gz をどこかで解凍し，解凍された netcdf-3... #codeprettify{{ tar -zxf netcdf-3.6.3.tar.gz cd netcdf-3.6.3 }} その次に，prefix で保存する場所を指定しつつ，configure を... どのコンパイラでinstallしたかわかるようにしておくと混同し... #codeprettify{{ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3_gnu }} ディレクトリはそのままで， #codeprettify{{ make sudo make install }} をして，インストール完了．~ ~ ~

End:
*NetCDFのインストール [#l1e09ee5] #contents **注意点 [#xa09b246] 個人で使う PC なら通常 /usr/local/ や の中にインストール... このため，環境変数が root でも適切に設定されているかを事... 特に .bashrc でパスの追加をしている場合は，root の .bashr... インストール前に root で ifort が実行できるか（パスが通っ... ~ また，依存関係エラーの可能性を高めるので，バージョン更新... NetCDF4 のライブラリを使用するソフトウェア（例えば GMT ）... ~ **NetCDF4 [#f4f19494] ***環境変数 [#j996e58a] インストールを行う前に，環境に合わせてコンパイラを指定す... GNU　(gfortran, gcc)を使うのであれば， #codeprettify{{ export FC=gfortran export CC=gcc }} PGI　なら #codeprettify{{ export FC=pgf90 export CC=pgcc }} Intel　なら #codeprettify{{ export FC=ifort export CC=icc # icc で実行可能かは未確認 }} ~ NetCDF4 のインストールには，事前に[[HDF5のインストール>..... パスが設定されていないと configure の時点で失敗するので，... HDF5が/usr/local/hdf5 にあるとして，(ユーザーはrootで) #codeprettify{{ export CPATH=/usr/local/hdf5/include:$CPATH export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/hdf5/lib:$LD_LIBRARY_PATH }} ~ ~ ***NetCDF-C [#n84b61cf] [[NetCDF Downloads>https://www.unidata.ucar.edu/downloads... #codeprettify{{ tar -zxf netcdf-c-4.X.X cd netcdf-c-4.X.X }} または，GitHub からリポジトリをクローンする．ただしこれは... #codeprettify{{ git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c cd netcdf-c git checkout v4.6.0 }} 更新の時は #codeprettify{{ git checkout v4.6.1 }} とする．~ #codeprettify{{ export NCDIR=/usr/local/netcdf-c-4.X.X ./configure --prefix=${NCDIR} --enable-shared }} NetCDF4 の configure は --with-xxx= のようなオプションが... 事前にインストールしておいた HDF5 や SZIP などのライブラ... とりあえず思考停止で，必要そうなものは CPATH と LD_LIBRAR... 成功したらコンパイル． #codeprettify{{ make make check sudo make install }} インストール先を /usr/ などの root しか権限がない場所に指... ~ ~ -エラーその1~ laptop では build(make) の際にエラーになった．エラー内容... undefined reference to `curl_easy_init' undefined reference to `curl_easy_setup' curl のライブラリをうまくリンクできていないようだったので， #codeprettify{{ locate libcurl }} で libcurl の場所を確認して，LDFLAGS につけ足した．~ ~ -エラーその2~ また別の時に再インストールしようとすると， /usr/bin/ld: indent.o: relocation R_X86_64_32S against `... /usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section... というエラーが出たので，一度 clean をしてから #codeprettify{{ export CFLAGS=-fPIC }} を新たに定義して上記の操作をやり直したら成功．~ ~ -参考1 [[Getting and Building netCDF>https://www.unidata.... -参考2 [[Running the configure Script>https://www.unidata... ~ ~ ~ ***NetCDF-Fortran [#h1e5540b] ここでは，NetCDF-Fortranも NetCDF-C と同じディレクトリに... どちらもバージョンを更新せず，もしするなら新たな場所にど... ~ まず，NetCDF4-C のインストールで得た nc-config というコマ... #codeprettify{{ cd /usr/local/bin ln -s ../netcdf-c-4.x.x/bin/nc-config nc-config # シンボ... nc-config --prefix # 確認 実行できなかったら正しくパスが... }} 次に，NetCDF4-C と同様に [[NetCDF Downloads>https://www.u... #codeprettify{{ git clone https://github.com/Unidata/netcdf-fortran cd netcdf-fortran git checkout v4.4.4 }} コンパイルの前に環境変数を設定しておく． #codeprettify{{ su export CC=gcc export FC=gfortran }} #codeprettify{{ export NCDIR=$(nc-config --prefix) export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:$(nc-config --l... # or LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${NCDIR}/lib }} 既にインストールされているNetCDF-Cのライブラリのパスやpre... #codeprettify{{ export CPPFLAGS=$(nc-config --cflags) export LDFLAGS=$(nc-config --libs) #export CPPFLAGS=-I${NCDIR}/include # 上の代替方法 #export LDFLAGS=-L${NCDIR}/lib # 上の代替方法 export NFDIR=${NCDIR} ./configure --prefix=${NFDIR} --disable-fortran-type-check make check make install }} インストール後は bin に nf-config を入れておく． #codeprettify{{ cd /usr/local/bin sudo ln -s ../netcdf4-c-4.6.1/bin/nf-config nf-config }} ~ .bashrc では下記のように書いておく．~ #codeprettify{{ # NetCDF 4 export NETCDF_CONFIG=$(nc-config) export NETCDF_ROOT="$(${NETCDF_CONFIG} --prefix)" export NETCDF_F_CONFIG=$(nf-config) export NETCDF_F_ROOT="$(${NETCDF_F_CONFIG} --prefix)" export LD_LIBRARY_PATH="${NETCDF_ROOT}/lib":${LD_LIBRARY_... }} ~ ~ -エラーその1 (netcdf-fortran-4.4.5)~ netcdf-fortran-4.4.5 をコンパイルする時のエラー． nf_test/ftst_rengrps.F 内で #codeprettify(lang-fortran){{ implicit none include "netcdf.inc" }} と 1-column ずれており，旧形式の FORTRAN では 7-column 目... 1つスペースを入れる修正が必要．~ 修正してPR送ろうと思ったら既に[[issue#192>https://github.... ~ -注意点~ 既に conda が入っていてその中の nc-config にパスが通って... 最初に which nc-config で確認した方が良い．~ ~ ~ **NetCDF3.6.3 [#aed9f6a9] &color(red){使われなくなってきたのでもう基本的にインスト... netcdf-3.6.3.tar.gz をどこかで解凍し，解凍された netcdf-3... #codeprettify{{ tar -zxf netcdf-3.6.3.tar.gz cd netcdf-3.6.3 }} その次に，prefix で保存する場所を指定しつつ，configure を... どのコンパイラでinstallしたかわかるようにしておくと混同し... #codeprettify{{ ./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3_gnu }} ディレクトリはそのままで， #codeprettify{{ make sudo make install }} をして，インストール完了．~ ~ ~

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