#author("2024-03-19T17:44:49+09:00","default:Miyashita","Miyashita") #author("2024-03-28T13:03:04+09:00","default:Miyashita","Miyashita") *GMT のインストール [#y6a8f240] #contents ~ GMT (Generic Mapping Tools) のインストール． 5 以降のバージョンの話． ~ **sourceファイルからビルド [#v3e40c01] ***GMT 本体以外のデータセット [#g703a68d] [[NetCDF4のインストール>../Install_NetCDF]]が済んでいないとおそらくインストールできない．cmake も必要．~ sourceファイルのダウンロードは [[GMT Release Files>http://gmt.soest.hawaii.edu/projects/gmt/wiki/Download]] から(本体は[[GitHub>https://github.com/GenericMappingTools/gmt]]でも可)．~ 【追記 2020年11月】ダウンロードのサイトが変わっていた．[[Download - The Generic Mapping Tools>https://www.generic-mapping-tools.org/download/]] から．~ dcw-gmt-1.1.4.tar.gz gmt-5.4.3-src.tar.gz # 本体 gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz の3つの.tar.gzをダウンロードした．~ dcw と gshhg については解凍したものを /opt/ に置き，リンクを貼っておいた． #codeprettify{{ tar -zxf dcw-gmt-1.1.4.tar.gz tar -zxf gshhg-gmt-2.3.7.tar.gz sudo mv dcw-gmt-1.1.4 /opt/ sudo mv gshhg-gmt-2.3.7 /opt/ cd /opt sudo ln -s dcw-gmt-1.1.4 dcw sudo ln -s gshhg-gmt-2.3.7 gshhg }} ~ ~ *** GMT 5 [#yd36f5f1] 解凍した GMT 本体のソースディレクトリ内で以下のように cmake のファイルをコピーする． #codeprettify{{ tar -zxf gmt-5.4.4-src.tar.gz cd gmt-5.4.4 cp -p cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake }} 次に，コピーした ConfigUser.cmake でインストールするパス等を指定する．~ デフォルト設定がファイル内に書いてあるので，変更したい場合は set (HOGE 'HOGEHOGE') となっている部分のコメントを外す．NetCDF4 のあるライブラリもここで定義する．~ -cmake/ConfigUser.cmake #codeprettify{{ # コメントを外した箇所だけ記載．下記以外は変更なしで実行した ## ## Section 1: Installation paths ## # Installation path (usually defaults to /usr/local) [auto]: set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/usr/local/gmt") ## ## Section 2: Build dependencies (should only be needed if CMake cannot ## automatically detect the rights version or path.) ## # Set path to GSHHG Shoreline Database [auto]: set (GSHHG_ROOT "/opt/gshhg") # ここに解凍したGSHHGのファイルパスを書き込む # Copy GSHHG files to $/coast [FALSE]: set (COPY_GSHHG TRUE) # Set path to DCW Digital Chart of the World for GMT [auto]: set (DCW_ROOT "/opt/dcw") # ここに解凍したDCWのファイルパスを書き込む # Copy DCW files to $/dcw [FALSE]: set (COPY_DCW TRUE) # Set location of NetCDF (can be root directory, path to header file or path # to nc-config) [auto]: set (NETCDF_ROOT "/usr/local/netcdf4") # NetCDF4の root, またはnc-configがある netcdf4/bin }} NETCDF_ROOT は nc-config のパスが通っていれば自動で取得するので設定しなくても大丈夫．~ ~ このあと， #codeprettify{{ mkdir build && cd build cmake .. }} で preprocess が完了するはず．~ あとはいつも通りにビルド，インストールを行う． #codeprettify{{ make sudo make install }} バージョン 6.0.0 でも方法は同じで問題なかった．~ 最後に，bin/gmt のシンボリックリンクをパスの通った場所に貼って完了． #codeprettify{{ $ gmt --version 5.4.4 }} で確認する． ~ ~ ~ *** GMT 6.1 [#h9133178] GMT 6.1.1 をクラスターの自分の環境にインストールした．~ 基本的には GMT 5と同じ．~ cmake のファイルに普通の Template と AdvancedTemplate が用意されていた．~ cmake ├── ConfigDefault.cmake ├── ConfigUserAdvancedTemplate.cmake ├── ConfigUserTemplate.cmake ~ ConfigUserTemplate.cmake は GMT をインストールする prefix, gshhg と dcw のパスなど基本的な項目だけを指定する．~ この設定を適用するためには GMT5 と同様に #codeprettify{{ cp -p cmake/ConfigUserTemplate.cmake cmake/ConfigUser.cmake }} とコピーして，コピーした ConfigUser.cmake を書き換える．~ -cmake/ConfigUser.cmake #codeprettify{{ # 1. Installation path (usually defaults to /usr/local) [auto]: set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/home/miyashita/local/gmt-6.1.1") # 2. Install convenience links for GMT modules. Uncomment to make direct links # to modules so you can run "module options" without the leading "gmt" [FALSE]: #set (GMT_INSTALL_MODULE_LINKS TRUE) # 3a. Set full path to the GSHHG Shoreline Database directory [auto]: set (GSHHG_ROOT "/cluster_tools/utility/gshhg-gmt-2.3.7") # 3b. Copy GSHHG files to ${GMT_DATADIR}/coast [TRUE]?: #set (COPY_GSHHG FALSE) # 4a. Set full path to the DCW Digital Chart of the World for GMT directory [auto]: set (DCW_ROOT "/cluster_tools/utility/dcw-gmt-2.0.0") # 4b. Copy DCW files to ${GMT_DATADIR}/dcw [TRUE]?: #set (COPY_DCW FALSE) }} ~ ConfigUserAdvancedTemplate.cmake はその他諸々の設定を行う．~ 同様にこれも ConfigUserAdvanced.cmake にコピーして編集する． #codeprettify{{ cp -p cmake/ConfigUserAdvancedTemplate cmake/ConfigUserAdvanced.cmake }} NetCDF や FFTW を自動検出でなく，手動でパス指定したいときは以下の通り． -cmake/ConfigUserAdvanced.cmake #codeprettify{{ ## ## Section 2: Build dependencies (should only be needed if CMake cannot ## automatically detect the rights version or path.) ## # Set URL to GMT Data server [auto]: #set (GMT_DATA_SERVER "data_server_url") # Set location of NetCDF (can be root directory, path to header file or path # to nc-config) [auto]: set (NETCDF_ROOT "/cluster_tools/build_gnu/netcdf-c-4.7.4") # Set location of GDAL (can be root directory, path to header file or path to # gdal-config) [auto]: set (GDAL_ROOT "/home/miyashita/local/src/gdal-3.5.0/bin") # Set location of GEOS (can be root directory, path to header file or path to # geos-config) [auto]: set (GEOS_ROOT "/home/miyashita/local/src/geos-3.5.2/bin") # Set location of PCRE (can be root directory, path to header file or path to # pcre-config) [auto]: #set (PCRE_ROOT "pcre_install_prefix") # Alternatively, set location of PCRE2 (can be root directory, path to header file or path to # pcre2-config) [auto]: #set (PCRE2_ROOT "pcre2_install_prefix") # Set location of single precision FFTW (can be root directory or path to # header file) [auto]: set (FFTW3_ROOT "/home/miyashita/local/src/fftw-3.3.9") }} ~ あとはお決まりのパターン． #codeprettify{{ mkdir build && cd build cmake .. }} cmake のときに geos のパスを指定しても，include だけ反映されて lib の方は /usr/lib の方を参照してしまう事態が発生した．~ その場合は下記のようにライブラリのパスを cmake のオプションで明記する．~ #codeprettify{{ cmake .. -DGEOS_LIBRARY:FILEPATH=/home/miyashita/local/src/geos-3.5.2/lib/libgeos_c.so }} その後は通常の make の流れ． #codeprettify{{ make make install }} 今回は自分の local のインストールなので make install に sudo は不要． ~ 実は，apt で gmt 本体はインストールせず下のように dcw や gshhg だけを apt 経由でインストールすれば，ソースから gmt 本体をコンパイルする時に勝手に見つけてくれるっぽい．~ #codeprettify{{ sudo apt install gmt-dcw gmt-gshhg gmt-gshhg-full gmt-gshhg-high gmt-gshhg-low }} この場合 dcw や gshhg は /usr/share/ に入る． ~ ~ *** GMT 6.5.0 [#yc2114c0] 6.1と同様に cmake にあるテンプレートをコピーして，各種ライブラリの場所を見る． #codeprettify{{ cp -p ConfigUserTemplate.cmake ConfigUser.cmake cp -p ConfigUserAdvancedTemplate.cmake ConfigUserAdvanced.cmake }} 以下は研究室のクラスター計算機で設定したときのファイルの編集． - ConfigUser.cmake #codeprettify{{ # 1. Installation path (usually defaults to /usr/local) [auto]: set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/home/miyashita/local_gnu") set (CMAKE_INSTALL_PREFIX "/home/miyashita/local") }} #codeprettify{{ # 3a. Set full path to the GSHHG Shoreline Database directory [auto]: set (GSHHG_ROOT "/cluster_tools/utility/gshhg-gmt-2.3.7") # 3b. Copy GSHHG files to ${GMT_DATADIR}/coast [TRUE]?: #set (COPY_GSHHG FALSE) # 4a. Set full path to the DCW Digital Chart of the World for GMT directory [auto]: set (DCW_ROOT "/cluster_tools/utility/dcw-gmt-2.0.0") # 4b. Copy DCW files to ${GMT_DATADIR}/dcw [TRUE]?: #set (COPY_DCW FALSE) }} ~ - ConfigUserAdvanced.cmake #codeprettify{{ # Set location of GDAL (can be root directory, path to header file or path to # gdal-config) [auto]: set (GDAL_ROOT "/cluster_tools/build_gnu/gdal-3.4.1") }} #codeprettify{{ # Set location of single precision FFTW (can be root directory or path to # header file) [auto]: set (FFTW3_ROOT "/home/miyashita/local_gnu") set (FFTW3_ROOT "/home/miyashita/local") }} なんとか-config 系のコマンドや pkgconfig のパスがしっかりしている場合は，ここで指定しなくても勝手に見つけてくれるはず． cmake のファイルの中でちゃんと場所を指定しても libfftw3f.so のシンボリックリンクがなくて libfftw3f.so.3 しかない場合に NOT FOUND になるのがよくあるので，シンボリックリンクを作成したりした． あとは cmake コマンドでなんとかする． #codeprettify{{ mkdir build cd build cmake .. }} Ninja というビルドツールがあると #codeprettify{{ cmake .. -G Ninja }} としたほうが速く終わるらしい．なくても可．~ #codeprettify{{ cmake --build . cmake --build . --target install }} ~ ~ ~ **バイナリをインストール[#b941f02b] こちらは NetCDF4 がなくてもインストールできた．~ もちろん pscoast や grdview などは NetCDF4 がインストールされていないと使えない. #codeprettify{{ sudo apt install gmt gmt-doc gmt-dcw gmt-gshhg gmt-gshhg-full gmt-gshhg-high gmt-gshhg-low }} この方法を採用すると， #codeprettify{{ /usr/bin/gmt # gmtのバイナリ実行ファイル /usr/share/gmt-dcw # dcw /usr/share/gmt-gshhg # gshhg }} の構成になる．~