Takuya Miyashita
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Start:
*エラー記録と対処 [#o92e95e6]
#contents
**"No module named clawutil"というエラー [#g3dd7ec3]
make data の実行でこの python 上のエラーが発生.~
***その1 [#i93ba483]
#codeprettify{{
echo $PYTHONPATH
}}
を実行した際に,$CLAW と同じパスが含まれているのを確認し...
#codeprettify(lang-python){{
In [1]: import clawpack
In [2]: from clawpack import clawutil
}}
ができるか確認.2行目でエラーが出るはず.
#codeprettify{{
ls -l $CLAW/clawpack/
}}
で見ると,"/raid/xxx/" と環境依存のリンク元となっており,...
初期設定では絶対パスのリンクになっており,$CLAW のパスが...
#codeprettify{{
cd $CLAW/clawpack
ln -fs ../amrclaw/src/python/amrclaw amrclaw
ln -fs ../classic/src/python/classic classic
ln -fs ../clawutil/src/python/clawutil clawutil
ln -fs ../pyclaw/src/forestclaw forestclaw
ln -fs ../geoclaw/src/python/geoclaw geoclaw
ln -fs ../pyclaw/src/petclaw petclaw
ln -fs ../pyclaw/src/pyclaw pyclaw
ln -fs ../riemann/src riemann
ln -fs ../visclaw/src/python/visclaw visclaw
}}
***その2 [#qeb1c7d9]
上の設定ができていても 'No module named clawpack.clawutil...
python コマンドのデフォルトが python2 なのか python3 なの...
ベースの Makefile である $CLAW/clawutil/src/Makefile.comm...
#codeprettify{{
PYTHON ?= python3
CLAW_PYTHON ?= $(PYTHON)
}}
安易に /usr/bin/python のリンクを張り替えたり,rc ファイ...
~
~
**同一のtopography(地形データ)ファイルを読めない [#xfdbed...
ある実行ファイル xgeoclaw が地形ファイルを読んでいる途中...
$GEOLIB の topo_module.f90 の中の open 文が,status='unkn...
#codeprettify(lang-fortran){{
open(xx,...,status='unknown',action='read')
}}
にすれば解決する.
~
~
**NetCDF, curl, OpenSSL の依存関係によるコンパイルエラー ...
NetCDF を有効にして geoclaw をコンパイルすると,下記のよ...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/home/miyashita/AMR/clawpack/clawutil/src/Makefile.commo...
以前に curl を再インストールした記憶があり,その時の curl...
のような気がしたので,今の環境で NetCDF C を再インストー...
#codeprettify{{
./configure --prefix=${NCDIR} --enable-netcdf-4 --enable-...
}}
オプションの最後, --enable-dap は
--enable-dap
Enable DAP support. The configure script will atte...
but if it fails, then it is necessary to specify t...
It is assumed that the directories /some/path/incl...
と書いてあるので重要だと思う.~
NetCDF を再インストールしたらエラーがなくなった.~
~
**Type mismatch [#w2ef483e]
Clawpack v5.7.1 の examples をコンパイルするときに,gfort...
Error: Type mismatch between actual argument at (1) and ...
[[issue #191>https://github.com/clawpack/clawpack/issues/...
example/storm-surge/ike/Makefile 内で以下のように FFLAGS ...
#codeprettify{{
# Environment variable FC should be set to fortran compil...
FFLAGS += -fallow-argument-mismatch
}}
~
~
**セグフォ [#ve42c02b]
お馴染みのセグフォが出た.~
SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
セグフォの原因は多々考えられるので,以下はセグフォになる...
setrun.py を編集して再runしただけでこのエラーが出現した....
#codeprettify{{
fg = fgmax_tools.FGmaxGrid()
fg.point_style = 2 # uniform rectangular x-y grid
fg.dx = 1.0/60.0/4.0 # desired resolution of f...
fg.x1 = 133.5
fg.x2 = 134.5
fg.y1 = 32.5
fg.y2 = 33.5
fg.min_level_check = 3 # which levels to monitor max on
fg.arrival_tol = 1.0e-2
fg.tstart_max = clawdata.t0 # just before wave arrives
fg.tend_max = clawdata.tfinal # when to stop monit...
fg.dt_check = 10.0 # how often to update max values
fg.interp_method = 0 # 0 ==> pw const in cells, rec...
rundata.fgmax_data.fgmax_grids.append(fg) # written ...
}}
fg.minlevel_check が 3 だと,おそらく波到達時にレベル3に...
fg.minlevel_check を 1 にするとエラーがでなくなった.
End:
*エラー記録と対処 [#o92e95e6]
#contents
**"No module named clawutil"というエラー [#g3dd7ec3]
make data の実行でこの python 上のエラーが発生.~
***その1 [#i93ba483]
#codeprettify{{
echo $PYTHONPATH
}}
を実行した際に,$CLAW と同じパスが含まれているのを確認し...
#codeprettify(lang-python){{
In [1]: import clawpack
In [2]: from clawpack import clawutil
}}
ができるか確認.2行目でエラーが出るはず.
#codeprettify{{
ls -l $CLAW/clawpack/
}}
で見ると,"/raid/xxx/" と環境依存のリンク元となっており,...
初期設定では絶対パスのリンクになっており,$CLAW のパスが...
#codeprettify{{
cd $CLAW/clawpack
ln -fs ../amrclaw/src/python/amrclaw amrclaw
ln -fs ../classic/src/python/classic classic
ln -fs ../clawutil/src/python/clawutil clawutil
ln -fs ../pyclaw/src/forestclaw forestclaw
ln -fs ../geoclaw/src/python/geoclaw geoclaw
ln -fs ../pyclaw/src/petclaw petclaw
ln -fs ../pyclaw/src/pyclaw pyclaw
ln -fs ../riemann/src riemann
ln -fs ../visclaw/src/python/visclaw visclaw
}}
***その2 [#qeb1c7d9]
上の設定ができていても 'No module named clawpack.clawutil...
python コマンドのデフォルトが python2 なのか python3 なの...
ベースの Makefile である $CLAW/clawutil/src/Makefile.comm...
#codeprettify{{
PYTHON ?= python3
CLAW_PYTHON ?= $(PYTHON)
}}
安易に /usr/bin/python のリンクを張り替えたり,rc ファイ...
~
~
**同一のtopography(地形データ)ファイルを読めない [#xfdbed...
ある実行ファイル xgeoclaw が地形ファイルを読んでいる途中...
$GEOLIB の topo_module.f90 の中の open 文が,status='unkn...
#codeprettify(lang-fortran){{
open(xx,...,status='unknown',action='read')
}}
にすれば解決する.
~
~
**NetCDF, curl, OpenSSL の依存関係によるコンパイルエラー ...
NetCDF を有効にして geoclaw をコンパイルすると,下記のよ...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/usr/local/netcdf-4.6.1/lib/libnetcdf.so: undefined refe...
/home/miyashita/AMR/clawpack/clawutil/src/Makefile.commo...
以前に curl を再インストールした記憶があり,その時の curl...
のような気がしたので,今の環境で NetCDF C を再インストー...
#codeprettify{{
./configure --prefix=${NCDIR} --enable-netcdf-4 --enable-...
}}
オプションの最後, --enable-dap は
--enable-dap
Enable DAP support. The configure script will atte...
but if it fails, then it is necessary to specify t...
It is assumed that the directories /some/path/incl...
と書いてあるので重要だと思う.~
NetCDF を再インストールしたらエラーがなくなった.~
~
**Type mismatch [#w2ef483e]
Clawpack v5.7.1 の examples をコンパイルするときに,gfort...
Error: Type mismatch between actual argument at (1) and ...
[[issue #191>https://github.com/clawpack/clawpack/issues/...
example/storm-surge/ike/Makefile 内で以下のように FFLAGS ...
#codeprettify{{
# Environment variable FC should be set to fortran compil...
FFLAGS += -fallow-argument-mismatch
}}
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**セグフォ [#ve42c02b]
お馴染みのセグフォが出た.~
SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory reference.
セグフォの原因は多々考えられるので,以下はセグフォになる...
setrun.py を編集して再runしただけでこのエラーが出現した....
#codeprettify{{
fg = fgmax_tools.FGmaxGrid()
fg.point_style = 2 # uniform rectangular x-y grid
fg.dx = 1.0/60.0/4.0 # desired resolution of f...
fg.x1 = 133.5
fg.x2 = 134.5
fg.y1 = 32.5
fg.y2 = 33.5
fg.min_level_check = 3 # which levels to monitor max on
fg.arrival_tol = 1.0e-2
fg.tstart_max = clawdata.t0 # just before wave arrives
fg.tend_max = clawdata.tfinal # when to stop monit...
fg.dt_check = 10.0 # how often to update max values
fg.interp_method = 0 # 0 ==> pw const in cells, rec...
rundata.fgmax_data.fgmax_grids.append(fg) # written ...
}}
fg.minlevel_check が 3 だと,おそらく波到達時にレベル3に...
fg.minlevel_check を 1 にするとエラーがでなくなった.
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