Takuya Miyashita
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*JAGURS 入力ファイル設定 [#a2f24915]
#contents
** パラメータ [#d3ca5b1a]
デフォルトで input/ の中にある tsun.par などは,各種パラ...
計算実行時に
#codeprettify{{
jagurs par=XXX.par
}}
と指定する.~
拡張子が par である必要はないと思うが視認性のために par ...
テスト用の tsun.par は~
#codeprettify{{
¶ms
gridfile="gridfile.dat"
maxgrdfn="zmax.grd"
vmaxgrdfn="vmax.grd"
tgstafn="test_tgs.txt"
dt=0.05
tend=120 !2min. for TEST
itmap=1200
tau=60
cf=-0.025
cfl=-0.025
coriolis=0
smooth_edges=0
c2p_all=1
def_bathy=1
plotgrd=-1
velgrd=0
procx=2 !for Parallel version
procy=2 !for Parallel version
/
}}
~
~
**地形(水深)・初期水位 [#q094d4c4]
***ファイル名を指定するファイル [#vf7890db]
用いる地形と初期水位(または断層モデル)のファイルを指定...
#codeprettify{{
gridfile="gridfile.dat"
}}
である.その中身は
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 bathy.SD01.grd disp.SD01.grd
SD02 SD01 0 bathy.SD02.grd disp.SD02.grd
SD03 SD02 0 bathy.SD03.grd disp.SD03.grd
}}
のようになっている.~
~
相対パスを使うなど,ディレクトリを跨ぐときは,それぞれの...
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 "../input/bathy.SD01.grd" "../input/disp.SD01...
SD02 SD01 0 "../input/bathy.SD02.grd" "../input/disp.SD02...
SD03 SD02 0 "../input/bathy.SD03.grd" "../input/disp.SD03...
}}
断層の動的破壊を考慮して,初期水位ファイルがひとつに収ま...
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 "../../bath/bath_0810-01_mask.grd" disp.SD01....
}}
にようにファイル名を記入し,この disp.SD01.list には順番...
~
さらに,ネストされた領域では直接初期水位を入力せず,計算...
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 "../../bath/bath_0810-01.grd" disp.SD01.list
SD02 SD01 0 "../../bath/bath_0270-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
SD03 SD02 0 "../../bath/bath_0090-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
SD04 SD03 0 "../../bath/bath_0030-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
SD05 SD04 0 "../../bath/bath_0010-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
}}
とし,par のファイルで
#codeprettify(lang-fortran){{
init_disp_interpolation=1
use_linear=0 ! 0: spline 1: linear
}}
とする.par ファイルは Fortran の namelist 形式なので単に...
~ ...
~
***CFL条件 [#h94ee630]
各計算領域での最も深い水深と解像度をもとに,CFL=1.0 のと...
#codeprettify{{
gmt ../../bath/bath_0010-01.grd -Cn -o5,6 | awk '{print $...
}}
これで出てきた値の半分以下の dt にすることが望ましい.
~
~
***地形ファイル等のフォーマット [#hf37e1fd]
GEBCO で NetCDF の地形を入手しても,JAGURSではそのまま使...
公式doc にも書いてあるが,JAGURS がサポートしている地形フ...
このフォーマットに関しては GMT の [[grdconvert>https://do...
また,計算では水深の深さ方向に正をとるので,元々の地形デ...
フォーマット cf への変換と 符号逆転を同時に処理するなら
#codeprettify{{
gmt grdmath toponc.grd NEG = bathcf.grd=cf
}}
とする.最後の =cf というフォーマット指定が重要.~
参考→[[JAGURSで遠地津波計算 - EKBO>http://ekbo.blogspot.c...
~
初期水位ファイルに関しても, grdconvert を使って cf でな...
#codeprettify{{
gmt grdconvert dispnc.grd -Gdispcf.grd=cf
}}
~
~
**station (時系列を記録する定点) [#d0412b39]
station の場所を指定するファイルは, par ファイルの
#codeprettify{{
tgstafn="test_tgs.txt"
}}
の部分, test_tgs.txt は以下のようになっている.
#codeprettify{{
6
40.116667 142.0666667 1 #GPS807
39.627222 142.1866667 2 #GPS804
39.258611 142.0969444 3 #GPS802
38.857778 141.8944444 4 #GPS803
38.2325 141.6836111 5 #GPS801
36.971389 141.1855556 6 #GPS806
}}
~
~
** 並列計算 [#c3f1415f]
最後の
#codeprettify(lang-fortran){{
procx=2 !for Parallel version
procy=2 !for Parallel version
}}
はあくまで MPI の分割条件であって,これは OpenMP には関係...
MPI を使わない場合はコメントアウトしておく.
#codeprettify(lang-fortran){{
!procx=2 !for Parallel version
!procy=2 !for Parallel version
}}
OpenMP はいつも通り環境変数の OMP_NUM_THREADS で指定する.
~
~
**流速の出力 [#le3638f2]
#codeprettify{{
plotgrd=-1
}}
の -1 は入力した全領域の水位の空間分布を itmap のステップ...
流速の場合は
#codeprettify{{
velgrd=0
}}
は -1 にしても流速の出力はなかった.~
水位と同じく全領域の流速の空間分布を出力したければ
#codeprettify{{
velgrd=1
}}
とすれば OK っぽい.
End:
*JAGURS 入力ファイル設定 [#a2f24915]
#contents
** パラメータ [#d3ca5b1a]
デフォルトで input/ の中にある tsun.par などは,各種パラ...
計算実行時に
#codeprettify{{
jagurs par=XXX.par
}}
と指定する.~
拡張子が par である必要はないと思うが視認性のために par ...
テスト用の tsun.par は~
#codeprettify{{
¶ms
gridfile="gridfile.dat"
maxgrdfn="zmax.grd"
vmaxgrdfn="vmax.grd"
tgstafn="test_tgs.txt"
dt=0.05
tend=120 !2min. for TEST
itmap=1200
tau=60
cf=-0.025
cfl=-0.025
coriolis=0
smooth_edges=0
c2p_all=1
def_bathy=1
plotgrd=-1
velgrd=0
procx=2 !for Parallel version
procy=2 !for Parallel version
/
}}
~
~
**地形(水深)・初期水位 [#q094d4c4]
***ファイル名を指定するファイル [#vf7890db]
用いる地形と初期水位(または断層モデル)のファイルを指定...
#codeprettify{{
gridfile="gridfile.dat"
}}
である.その中身は
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 bathy.SD01.grd disp.SD01.grd
SD02 SD01 0 bathy.SD02.grd disp.SD02.grd
SD03 SD02 0 bathy.SD03.grd disp.SD03.grd
}}
のようになっている.~
~
相対パスを使うなど,ディレクトリを跨ぐときは,それぞれの...
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 "../input/bathy.SD01.grd" "../input/disp.SD01...
SD02 SD01 0 "../input/bathy.SD02.grd" "../input/disp.SD02...
SD03 SD02 0 "../input/bathy.SD03.grd" "../input/disp.SD03...
}}
断層の動的破壊を考慮して,初期水位ファイルがひとつに収ま...
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 "../../bath/bath_0810-01_mask.grd" disp.SD01....
}}
にようにファイル名を記入し,この disp.SD01.list には順番...
~
さらに,ネストされた領域では直接初期水位を入力せず,計算...
#codeprettify{{
SD01 SD01 1 "../../bath/bath_0810-01.grd" disp.SD01.list
SD02 SD01 0 "../../bath/bath_0270-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
SD03 SD02 0 "../../bath/bath_0090-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
SD04 SD03 0 "../../bath/bath_0030-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
SD05 SD04 0 "../../bath/bath_0010-01.grd" NO_DISPLACEMENT...
}}
とし,par のファイルで
#codeprettify(lang-fortran){{
init_disp_interpolation=1
use_linear=0 ! 0: spline 1: linear
}}
とする.par ファイルは Fortran の namelist 形式なので単に...
~ ...
~
***CFL条件 [#h94ee630]
各計算領域での最も深い水深と解像度をもとに,CFL=1.0 のと...
#codeprettify{{
gmt ../../bath/bath_0010-01.grd -Cn -o5,6 | awk '{print $...
}}
これで出てきた値の半分以下の dt にすることが望ましい.
~
~
***地形ファイル等のフォーマット [#hf37e1fd]
GEBCO で NetCDF の地形を入手しても,JAGURSではそのまま使...
公式doc にも書いてあるが,JAGURS がサポートしている地形フ...
このフォーマットに関しては GMT の [[grdconvert>https://do...
また,計算では水深の深さ方向に正をとるので,元々の地形デ...
フォーマット cf への変換と 符号逆転を同時に処理するなら
#codeprettify{{
gmt grdmath toponc.grd NEG = bathcf.grd=cf
}}
とする.最後の =cf というフォーマット指定が重要.~
参考→[[JAGURSで遠地津波計算 - EKBO>http://ekbo.blogspot.c...
~
初期水位ファイルに関しても, grdconvert を使って cf でな...
#codeprettify{{
gmt grdconvert dispnc.grd -Gdispcf.grd=cf
}}
~
~
**station (時系列を記録する定点) [#d0412b39]
station の場所を指定するファイルは, par ファイルの
#codeprettify{{
tgstafn="test_tgs.txt"
}}
の部分, test_tgs.txt は以下のようになっている.
#codeprettify{{
6
40.116667 142.0666667 1 #GPS807
39.627222 142.1866667 2 #GPS804
39.258611 142.0969444 3 #GPS802
38.857778 141.8944444 4 #GPS803
38.2325 141.6836111 5 #GPS801
36.971389 141.1855556 6 #GPS806
}}
~
~
** 並列計算 [#c3f1415f]
最後の
#codeprettify(lang-fortran){{
procx=2 !for Parallel version
procy=2 !for Parallel version
}}
はあくまで MPI の分割条件であって,これは OpenMP には関係...
MPI を使わない場合はコメントアウトしておく.
#codeprettify(lang-fortran){{
!procx=2 !for Parallel version
!procy=2 !for Parallel version
}}
OpenMP はいつも通り環境変数の OMP_NUM_THREADS で指定する.
~
~
**流速の出力 [#le3638f2]
#codeprettify{{
plotgrd=-1
}}
の -1 は入力した全領域の水位の空間分布を itmap のステップ...
流速の場合は
#codeprettify{{
velgrd=0
}}
は -1 にしても流速の出力はなかった.~
水位と同じく全領域の流速の空間分布を出力したければ
#codeprettify{{
velgrd=1
}}
とすれば OK っぽい.
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