Takuya Miyashita
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*エラーのログと対処 [#ud69ab65]
エラーの根本的な原因がわからないまま載せることが多いので...
#contents
~
**GMT.jl の precompile error [#b926fa4e]
GMT.jl はコンパイル失敗しやすい.~
ある時のエラー.~
#codeprettify{{
julia> using GMT: GMT
[ Info: Precompiling GMT [5752ebe1-31b9-557e-87aa-f909b54...
ERROR: LoadError: failed process: Process(`grep libgdal`,...
}}
libgdal が探せていない?下は失敗した GMT.jl のソース部分.~
#codeprettify{{
_GMTver, GMTbyConda, _libgmt, _libgdal, _libproj, _GMT_bi...
if (!GMTbyConda) # In the other case (the non-existing E...
_libgmt = haskey(ENV, "GMT_LIBRARY") ? ENV["GMT_LIBRARY"...
@static Sys.iswindows() ?
(Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libgdal = "gdal_w64.dll") : (_...
Sys.isapple() ? (_libgdal = string(split(readlines(pip...
Sys.isunix() ? (_libgdal = string(split(readlines(pip...
error("Don't know how to install this package in this...
)
)
@static Sys.iswindows() ?
(Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libproj = "proj_w64.dll") : (_...
Sys.isapple() ? (_libproj = string(split(readlines(pip...
Sys.isunix() ? (_libproj = string(split(readlines(pip...
error("Don't know how to use PROJ4 in this OS.")
)
)
end
const GMTver, libgmt, libgdal, libproj, GMT_bindir = _GMT...
}}
これをもとに下記コマンドで何が出てくるかを確認.
#codeprettify{{
ldd /usr/local/gmt/lib/libgmt.so | grep libgdal
}}
どうやら,もともと libgmt.so に libgdal が検出できていな...
GMT をソースからビルドしたため,cmake で libgdal.so のパ...
または,直接 libgmt.so に libgdal.so の依存関係を追加して...
#codeprettify{{
$ patchelf --add-needed libgdal.so libgmt.so
$ ldd libgmt.so | grep libgdal.so
libgdal.so => /usr/lib/libgdal.so (0x00007f8e8aae...
}}
~
~
**GMT.jl の makecpt,-D オプション [#h1dc5b50]
バージョン~
Julia v1.0.0~
GMT v0.5.0~
makecpt の -D オプションが反映されない問題.
#codeprettify(lang-julia){{
using GMT:GMT
cpt = GMT.makecpt(C=:polar, T="-1.0/1.0", D=true, V=true)
GMT.gmt("write tmp.cpt",cpt);
}}
で出力された tmp.cpt を見てみると,
-1 blue 0 white
0 white 1 red
B black
F white
N 127.5
となり,B, F に -D オプションの効果が入っていない.~
~
(追記)[[issues #179>https://github.com/GenericMappingTo...
最新の GMT バージョンがリリースされたら適切に動くようにな...
~
現状では
#codeprettify(lang-julia){{
cptfile = "tmp.cpt"
GMT.gmt("makecpt -Cpolar -T-1.0/1.0 -D -V > $cptfile")
cpt = GMT.gmt("read -Tc $cptfile")
run(`rm -f $cptfile`)
}}
と一旦 gmt コマンドをそのまま実行し,read で読むと良い.~
~
(さらに追記 2019/11)~
GMT のバージョン6.0 をインストール後,これの libgmt.so を...
GMT の開発者さんありがとうございます.
~
~
** registry dirty [#t4a40ecf]
環境は Julia v1.0.3, Ubuntu 18.04 LTS.~
#codeprettify(lang-julia){{
(v1.0) pkg> update
}}
をすると warning が出て
┌ Warning: Some registries failed to update:
`~/.julia/registries/General` — registry dirty
と言われた.何が dirty なのかは不明.~
[[Issues>https://github.com/JuliaStats/StatsBase.jl/issue...
#codeprettify{{
cd ~/.julia/registries/General
git fetch origin --prune
git checkout -- .
git reset --hard origin/master
}}
~
**curlのエラーによるパッケージのアップデート,ビルドのエ...
バージョン: v1.0.0~
Pkg.update や Pkg.build は curl でエラーが発生すると全部...
curl: (48) An unknown option was passed in to libcurl
[[Ubuntu/curl関係のエラー]]の修正をしたらビルド成功.~
~
** (謎) 数値の誤表示? [#d493952b]
バージョン: v0.6.2~
画像から.
#ref(https://main-t-miyashita.ssl-lolipop.jp/hydrocoast/i...
値を変更せず,全く同じことをしているのに,
#codeprettify(lang-julia){{
julia> ϕ[24,16,1]
8.099876.....
}}
となるはずが1度だけ
#codeprettify(lang-julia){{
julia> ϕ[24,16,1]
8.899876.....
}}
になっている.~
~
**Juno 更新,Atom 再起動,Pkg.update の後に precompiling ...
バージョン: v0.6.2~
Atom で Juno 更新,再起動,さらに Atom の REPL で
#codeprettify(lang-julia){{
Pkg.update()
}}
を実行した後,
#codeprettify(lang-julia){{
using NetCDF
}}
などを実行しようとしたら,途中でエラーが出現した.下はエ...
WARNING: Module Compat with uuid xxxxxxxxxxxxxx is missi...
This may mean module Compat does not support precompilat...
ERROR: LoadError: Declaring __precompile__(false) is not...
[[issue #19017>https://github.com/JuliaLang/julia/issues/...
REPL 再起動では直らず,Atom 再起動をしたらエラーがでなく...
~
**Atom で Julia の REPL が起動できない [#a02f714a]
バージョン: v0.6.2~
Precompiling の HttpPaser のビルドで
#codeprettify{{
curl -f -o /home/miyashita/.julia/v0.6/HttpParser/deps/do...
}}
が実行できず,Atom で REPL が起動できなかった.エラーは下...
curl: (1) Protocol "https" not supported or disabled in ...
何かの際に curl を再インストールして,https からダウンロ...
curl の設定を直して,
#codeprettify{{
curl -V
}}
で https が含まれているのを確認した後,再度 terminal から ...
#codeprettify{{
julia> Pkg.build("HttpParser")
}}
をしたら正常に戻った.
End:
*エラーのログと対処 [#ud69ab65]
エラーの根本的な原因がわからないまま載せることが多いので...
#contents
~
**GMT.jl の precompile error [#b926fa4e]
GMT.jl はコンパイル失敗しやすい.~
ある時のエラー.~
#codeprettify{{
julia> using GMT: GMT
[ Info: Precompiling GMT [5752ebe1-31b9-557e-87aa-f909b54...
ERROR: LoadError: failed process: Process(`grep libgdal`,...
}}
libgdal が探せていない?下は失敗した GMT.jl のソース部分.~
#codeprettify{{
_GMTver, GMTbyConda, _libgmt, _libgdal, _libproj, _GMT_bi...
if (!GMTbyConda) # In the other case (the non-existing E...
_libgmt = haskey(ENV, "GMT_LIBRARY") ? ENV["GMT_LIBRARY"...
@static Sys.iswindows() ?
(Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libgdal = "gdal_w64.dll") : (_...
Sys.isapple() ? (_libgdal = string(split(readlines(pip...
Sys.isunix() ? (_libgdal = string(split(readlines(pip...
error("Don't know how to install this package in this...
)
)
@static Sys.iswindows() ?
(Sys.WORD_SIZE == 64 ? (_libproj = "proj_w64.dll") : (_...
Sys.isapple() ? (_libproj = string(split(readlines(pip...
Sys.isunix() ? (_libproj = string(split(readlines(pip...
error("Don't know how to use PROJ4 in this OS.")
)
)
end
const GMTver, libgmt, libgdal, libproj, GMT_bindir = _GMT...
}}
これをもとに下記コマンドで何が出てくるかを確認.
#codeprettify{{
ldd /usr/local/gmt/lib/libgmt.so | grep libgdal
}}
どうやら,もともと libgmt.so に libgdal が検出できていな...
GMT をソースからビルドしたため,cmake で libgdal.so のパ...
または,直接 libgmt.so に libgdal.so の依存関係を追加して...
#codeprettify{{
$ patchelf --add-needed libgdal.so libgmt.so
$ ldd libgmt.so | grep libgdal.so
libgdal.so => /usr/lib/libgdal.so (0x00007f8e8aae...
}}
~
~
**GMT.jl の makecpt,-D オプション [#h1dc5b50]
バージョン~
Julia v1.0.0~
GMT v0.5.0~
makecpt の -D オプションが反映されない問題.
#codeprettify(lang-julia){{
using GMT:GMT
cpt = GMT.makecpt(C=:polar, T="-1.0/1.0", D=true, V=true)
GMT.gmt("write tmp.cpt",cpt);
}}
で出力された tmp.cpt を見てみると,
-1 blue 0 white
0 white 1 red
B black
F white
N 127.5
となり,B, F に -D オプションの効果が入っていない.~
~
(追記)[[issues #179>https://github.com/GenericMappingTo...
最新の GMT バージョンがリリースされたら適切に動くようにな...
~
現状では
#codeprettify(lang-julia){{
cptfile = "tmp.cpt"
GMT.gmt("makecpt -Cpolar -T-1.0/1.0 -D -V > $cptfile")
cpt = GMT.gmt("read -Tc $cptfile")
run(`rm -f $cptfile`)
}}
と一旦 gmt コマンドをそのまま実行し,read で読むと良い.~
~
(さらに追記 2019/11)~
GMT のバージョン6.0 をインストール後,これの libgmt.so を...
GMT の開発者さんありがとうございます.
~
~
** registry dirty [#t4a40ecf]
環境は Julia v1.0.3, Ubuntu 18.04 LTS.~
#codeprettify(lang-julia){{
(v1.0) pkg> update
}}
をすると warning が出て
┌ Warning: Some registries failed to update:
`~/.julia/registries/General` — registry dirty
と言われた.何が dirty なのかは不明.~
[[Issues>https://github.com/JuliaStats/StatsBase.jl/issue...
#codeprettify{{
cd ~/.julia/registries/General
git fetch origin --prune
git checkout -- .
git reset --hard origin/master
}}
~
**curlのエラーによるパッケージのアップデート,ビルドのエ...
バージョン: v1.0.0~
Pkg.update や Pkg.build は curl でエラーが発生すると全部...
curl: (48) An unknown option was passed in to libcurl
[[Ubuntu/curl関係のエラー]]の修正をしたらビルド成功.~
~
** (謎) 数値の誤表示? [#d493952b]
バージョン: v0.6.2~
画像から.
#ref(https://main-t-miyashita.ssl-lolipop.jp/hydrocoast/i...
値を変更せず,全く同じことをしているのに,
#codeprettify(lang-julia){{
julia> ϕ[24,16,1]
8.099876.....
}}
となるはずが1度だけ
#codeprettify(lang-julia){{
julia> ϕ[24,16,1]
8.899876.....
}}
になっている.~
~
**Juno 更新,Atom 再起動,Pkg.update の後に precompiling ...
バージョン: v0.6.2~
Atom で Juno 更新,再起動,さらに Atom の REPL で
#codeprettify(lang-julia){{
Pkg.update()
}}
を実行した後,
#codeprettify(lang-julia){{
using NetCDF
}}
などを実行しようとしたら,途中でエラーが出現した.下はエ...
WARNING: Module Compat with uuid xxxxxxxxxxxxxx is missi...
This may mean module Compat does not support precompilat...
ERROR: LoadError: Declaring __precompile__(false) is not...
[[issue #19017>https://github.com/JuliaLang/julia/issues/...
REPL 再起動では直らず,Atom 再起動をしたらエラーがでなく...
~
**Atom で Julia の REPL が起動できない [#a02f714a]
バージョン: v0.6.2~
Precompiling の HttpPaser のビルドで
#codeprettify{{
curl -f -o /home/miyashita/.julia/v0.6/HttpParser/deps/do...
}}
が実行できず,Atom で REPL が起動できなかった.エラーは下...
curl: (1) Protocol "https" not supported or disabled in ...
何かの際に curl を再インストールして,https からダウンロ...
curl の設定を直して,
#codeprettify{{
curl -V
}}
で https が含まれているのを確認した後,再度 terminal から ...
#codeprettify{{
julia> Pkg.build("HttpParser")
}}
をしたら正常に戻った.
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