Takuya Miyashita
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Start:
*HDF5のインストール [#oa169485]
#contents
~
**はじめに [#pad9e72b]
各種インストールに際して
#codeprettify{{
make install
}}
などと表記しているが,パス(prefix の指定場所)やユーザー(r...
~
**zlib,szipのインストール [#q635c41a]
C と Fortran のコンパイラを指す環境変数 CC と FC は事前に...
#codeprettify{{
CC=gcc
FC=gfortran
}}
~
HDF5のインストールの前に zlib と szip をインストールする.~
[[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから zlib の...
ダウンロード後は解凍してインストールを実行する.~
tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば下記の通り.
#codeprettify{{
tar zxf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/local
make
make install
}}
szip についても同様に行う.ソースは [[SZIP Compression in...
#codeprettify{{
tar zxf szip-2.1.1.tar.gz
cd szip-2.1.1/
./configure --prefix=$HOME/local
make && make install # &&で繋いでも良い
}}
~
最近は cmake と使ってインストールするのが流行り?のような...
#codeprettify{{
cd zlib-1.2.11
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/zlib-1.2.11
make
make install
}}
#codeprettify{{
cd szip-2.1.1
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/szip-2.1.1
make
make install
}}
~
**HDF5のインストール [#v8d455c9]
The HDF5 Group のページから,HDF5 のソースをダウンロード...
追記:管理されているウェブサイトが変更になった.ソースは ...
~
configure をする前に,pthread.h, libthread.so があるか確...
#codeprettify{{
locate pthread.h
/usr/include/pthread.h
locate libpthread.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/
}}
↑のパスが一般に参照可能であるならば,次の ./configure で...
~
次に,いつも通り tar.gz を解凍後,上の pthread 関連のパス...
with-package のところは実際に自分のインストールした szip...
szip は with-szip= ではなくて with-szlib= となるらしい.
#codeprettify{{
tar -zxf hdf5-1.x.x
cd hdf5-1.x.x
./configure --prefix=$HOME/local/src/hdf5-1.x.x --enable-...
--with-szlib=$HOME/local/src/szip-2.1...
--with-zlib=$HOME/local/src/zlib-1.12.1
}}
また,バージョンごとに分ける必要性を感じなければ,hdf5 の...
オプションの --enable-hl や --enable-shared はデフォルト...
~
他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが,今の所...
C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆...
~
configure を実行したら,make と make install で完了.コン...
#codeprettify{{
make
make check # 結構長い時間がかかる
make install
}}
FC が ifort の場合で root で make install する場合は root...
~
~
***エラー,ハマったこと [#q6398052]
ifort 18.0.1 と,HDF-1.10.1 では,make のコンパイル中にエ...
Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a...
common ブロックと equivalence の問題らしい.~
わからないままだったので,バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ...
sudo make か root で make をする時は,ifort が root のパ...
End:
*HDF5のインストール [#oa169485]
#contents
~
**はじめに [#pad9e72b]
各種インストールに際して
#codeprettify{{
make install
}}
などと表記しているが,パス(prefix の指定場所)やユーザー(r...
~
**zlib,szipのインストール [#q635c41a]
C と Fortran のコンパイラを指す環境変数 CC と FC は事前に...
#codeprettify{{
CC=gcc
FC=gfortran
}}
~
HDF5のインストールの前に zlib と szip をインストールする.~
[[zlib>http://www.zlib.net]] のページのリンクから zlib の...
ダウンロード後は解凍してインストールを実行する.~
tar.gz 形式をダウンロードしたとすれば下記の通り.
#codeprettify{{
tar zxf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/local
make
make install
}}
szip についても同様に行う.ソースは [[SZIP Compression in...
#codeprettify{{
tar zxf szip-2.1.1.tar.gz
cd szip-2.1.1/
./configure --prefix=$HOME/local
make && make install # &&で繋いでも良い
}}
~
最近は cmake と使ってインストールするのが流行り?のような...
#codeprettify{{
cd zlib-1.2.11
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/zlib-1.2.11
make
make install
}}
#codeprettify{{
cd szip-2.1.1
mkdir build && cd build
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/local/src/szip-2.1.1
make
make install
}}
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**HDF5のインストール [#v8d455c9]
The HDF5 Group のページから,HDF5 のソースをダウンロード...
追記:管理されているウェブサイトが変更になった.ソースは ...
~
configure をする前に,pthread.h, libthread.so があるか確...
#codeprettify{{
locate pthread.h
/usr/include/pthread.h
locate libpthread.so
/usr/lib/x86_64-linux-gnu/
}}
↑のパスが一般に参照可能であるならば,次の ./configure で...
~
次に,いつも通り tar.gz を解凍後,上の pthread 関連のパス...
with-package のところは実際に自分のインストールした szip...
szip は with-szip= ではなくて with-szlib= となるらしい.
#codeprettify{{
tar -zxf hdf5-1.x.x
cd hdf5-1.x.x
./configure --prefix=$HOME/local/src/hdf5-1.x.x --enable-...
--with-szlib=$HOME/local/src/szip-2.1...
--with-zlib=$HOME/local/src/zlib-1.12.1
}}
また,バージョンごとに分ける必要性を感じなければ,hdf5 の...
オプションの --enable-hl や --enable-shared はデフォルト...
~
他にも --enable-cxx オプションを追加したかったが,今の所...
C++を有効にする場合は CXXFLAGS="-I/usr/foo/bar" などを駆...
~
configure を実行したら,make と make install で完了.コン...
#codeprettify{{
make
make check # 結構長い時間がかかる
make install
}}
FC が ifort の場合で root で make install する場合は root...
~
~
***エラー,ハマったこと [#q6398052]
ifort 18.0.1 と,HDF-1.10.1 では,make のコンパイル中にエ...
Multiple objects from the same EQUIVALENCE set may not a...
common ブロックと equivalence の問題らしい.~
わからないままだったので,バージョンを下げて HDF5-1.8.20 ...
sudo make か root で make をする時は,ifort が root のパ...
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