Takuya Miyashita
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Start:
*NetCDFのインストール [#l1e09ee5]
#contents
**注意点 [#xa09b246]
個人で使う PC なら通常 /usr/local/ や の中にインストール...
このため,環境変数が root でも適切に設定されているかを事...
特に .bashrc でパスの追加をしている場合は,root の .bashr...
インストール前に root で ifort が実行できるか(パスが通っ...
~
また,依存関係エラーの可能性を高めるので,バージョン更新...
NetCDF4 のライブラリを使用するソフトウェア(例えば GMT )...
~
**NetCDF4 [#f4f19494]
***環境変数 [#j996e58a]
インストールを行う前に,環境に合わせてコンパイラを指定す...
GNU (gfortran, gcc)を使うのであれば,
#codeprettify{{
export FC=gfortran
export CC=gcc
}}
PGI なら
#codeprettify{{
export FC=pgf90
export CC=pgcc
}}
Intel なら
#codeprettify{{
export FC=ifort
export CC=icc # icc で実行可能かは未確認
}}
~
NetCDF4 のインストールには,事前に[[HDF5のインストール>.....
パスが設定されていないと configure の時点で失敗するので,...
HDF5 が/home/miyashita/local/src/hdf5 にあるとして,(ユー...
#codeprettify{{
export CPATH=$HOME/local/src/hdf5/include:$CPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/src/hdf5/lib:$LD_LIBRA...
}}
~
~
***NetCDF-C [#n84b61cf]
[[NetCDF Downloads>https://www.unidata.ucar.edu/downloads...
#codeprettify{{
tar -zxf netcdf-c-4.X.X
cd netcdf-c-4.X.X
}}
または,GitHub からリポジトリをクローンする.ただしこれは...
#codeprettify{{
git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c
cd netcdf-c
git checkout v4.6.0
}}
更新の時は
#codeprettify{{
git checkout v4.6.1
}}
とする.~
#codeprettify{{
export NCDIR=$HOME/local/src/netcdf-c-4.X.X
./configure --prefix=${NCDIR} --enable-shared
}}
NetCDF4 の configure は --with-xxx= のようなオプションが...
事前にインストールしておいた HDF5 や SZIP などのライブラ...
特にHDF5については --with-hdf5 というオプションは configu...
configure 後に下記のようなエラーが出ている時は HDF5 を見...
checking for library containing H5Fflush... no
configure: error: Can't find or link to the hdf5 library...
うまくいかないときは, pkg-config を使って場所を指定する.
#codeprettify{{
CFLAGS="`pkg-config --cflags hdf5`" LDFLAGS="`pkg-config ...
}}
pkg-config の hdf5 を有効にするには,環境変数 PKG_CONFIG_...
configure が成功したらコンパイル.
#codeprettify{{
make
make check
make install
}}
インストール先を /usr/ などの root しか権限がない場所に指...
~
~
-エラーその1~
laptop では build(make) の際にエラーになった.エラー内容...
undefined reference to `curl_easy_init'
undefined reference to `curl_easy_setup'
curl のライブラリをうまくリンクできていないようだったので,
#codeprettify{{
locate libcurl
}}
で libcurl の場所を確認して,LDFLAGS につけ足した.~
~
-エラーその2~
また別の時に再インストールしようとすると,
/usr/bin/ld: indent.o: relocation R_X86_64_32S against `...
/usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section...
というエラーが出たので,一度 clean をしてから
#codeprettify{{
export CFLAGS=-fPIC
}}
を新たに定義して上記の操作をやり直したら成功.~
~
-参考1 [[Getting and Building netCDF>https://www.unidata....
-参考2 [[Running the configure Script>https://www.unidata...
~
~
~
***NetCDF-Fortran [#h1e5540b]
先に,これの前にインストールした NetCDF4-C の bin のパス...
ここでは,NetCDF-Fortranも NetCDF-C と同じディレクトリに...
どちらもバージョンを更新せず,もしするなら新たな場所にど...
~
NetCDF4-C と同様に [[NetCDF Downloads>https://www.unidata...
#codeprettify{{
tar zxvf netcdf-fortran-4.X.X.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.X.X
}}
既にインストールされているNetCDF-Cのライブラリのパスやpre...
#codeprettify{{
export NFDIR=$(nc-config --prefix)
export CFLAGS=$(nc-config --cflags)
export LDFLAGS=$(nc-config --libs)
./configure --prefix=$NFDIR --disable-fortran-type-check
make check
make install
}}
~
~
-エラーその1 (netcdf-fortran-4.4.5)~
netcdf-fortran-4.4.5 をコンパイルする時のエラー.
nf_test/ftst_rengrps.F 内で
#codeprettify(lang-fortran){{
implicit none
include "netcdf.inc"
}}
と 1-column ずれており,旧形式の FORTRAN では 7-column 目...
1つスペースを入れる修正が必要.~
修正してPR送ろうと思ったら既に[[issue#192>https://github....
~
-注意点~
既に conda が入っていてその中の nc-config にパスが通って...
最初に which nc-config で確認した方が良い.~
~
~
**NetCDF3.6.3 [#aed9f6a9]
&color(red){使われなくなってきたのでもう基本的にインスト...
netcdf-3.6.3.tar.gz をどこかで解凍し,解凍された netcdf-3...
#codeprettify{{
tar -zxf netcdf-3.6.3.tar.gz
cd netcdf-3.6.3
}}
その次に,prefix で保存する場所を指定しつつ,configure を...
どのコンパイラでinstallしたかわかるようにしておくと混同し...
#codeprettify{{
./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3_gnu
}}
ディレクトリはそのままで,
#codeprettify{{
make
make install
}}
をして,インストール完了.~
~
~
End:
*NetCDFのインストール [#l1e09ee5]
#contents
**注意点 [#xa09b246]
個人で使う PC なら通常 /usr/local/ や の中にインストール...
このため,環境変数が root でも適切に設定されているかを事...
特に .bashrc でパスの追加をしている場合は,root の .bashr...
インストール前に root で ifort が実行できるか(パスが通っ...
~
また,依存関係エラーの可能性を高めるので,バージョン更新...
NetCDF4 のライブラリを使用するソフトウェア(例えば GMT )...
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**NetCDF4 [#f4f19494]
***環境変数 [#j996e58a]
インストールを行う前に,環境に合わせてコンパイラを指定す...
GNU (gfortran, gcc)を使うのであれば,
#codeprettify{{
export FC=gfortran
export CC=gcc
}}
PGI なら
#codeprettify{{
export FC=pgf90
export CC=pgcc
}}
Intel なら
#codeprettify{{
export FC=ifort
export CC=icc # icc で実行可能かは未確認
}}
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NetCDF4 のインストールには,事前に[[HDF5のインストール>.....
パスが設定されていないと configure の時点で失敗するので,...
HDF5 が/home/miyashita/local/src/hdf5 にあるとして,(ユー...
#codeprettify{{
export CPATH=$HOME/local/src/hdf5/include:$CPATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/src/hdf5/lib:$LD_LIBRA...
}}
~
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***NetCDF-C [#n84b61cf]
[[NetCDF Downloads>https://www.unidata.ucar.edu/downloads...
#codeprettify{{
tar -zxf netcdf-c-4.X.X
cd netcdf-c-4.X.X
}}
または,GitHub からリポジトリをクローンする.ただしこれは...
#codeprettify{{
git clone https://github.com/Unidata/netcdf-c
cd netcdf-c
git checkout v4.6.0
}}
更新の時は
#codeprettify{{
git checkout v4.6.1
}}
とする.~
#codeprettify{{
export NCDIR=$HOME/local/src/netcdf-c-4.X.X
./configure --prefix=${NCDIR} --enable-shared
}}
NetCDF4 の configure は --with-xxx= のようなオプションが...
事前にインストールしておいた HDF5 や SZIP などのライブラ...
特にHDF5については --with-hdf5 というオプションは configu...
configure 後に下記のようなエラーが出ている時は HDF5 を見...
checking for library containing H5Fflush... no
configure: error: Can't find or link to the hdf5 library...
うまくいかないときは, pkg-config を使って場所を指定する.
#codeprettify{{
CFLAGS="`pkg-config --cflags hdf5`" LDFLAGS="`pkg-config ...
}}
pkg-config の hdf5 を有効にするには,環境変数 PKG_CONFIG_...
configure が成功したらコンパイル.
#codeprettify{{
make
make check
make install
}}
インストール先を /usr/ などの root しか権限がない場所に指...
~
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-エラーその1~
laptop では build(make) の際にエラーになった.エラー内容...
undefined reference to `curl_easy_init'
undefined reference to `curl_easy_setup'
curl のライブラリをうまくリンクできていないようだったので,
#codeprettify{{
locate libcurl
}}
で libcurl の場所を確認して,LDFLAGS につけ足した.~
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-エラーその2~
また別の時に再インストールしようとすると,
/usr/bin/ld: indent.o: relocation R_X86_64_32S against `...
/usr/bin/ld: final link failed: Nonrepresentable section...
というエラーが出たので,一度 clean をしてから
#codeprettify{{
export CFLAGS=-fPIC
}}
を新たに定義して上記の操作をやり直したら成功.~
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-参考1 [[Getting and Building netCDF>https://www.unidata....
-参考2 [[Running the configure Script>https://www.unidata...
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***NetCDF-Fortran [#h1e5540b]
先に,これの前にインストールした NetCDF4-C の bin のパス...
ここでは,NetCDF-Fortranも NetCDF-C と同じディレクトリに...
どちらもバージョンを更新せず,もしするなら新たな場所にど...
~
NetCDF4-C と同様に [[NetCDF Downloads>https://www.unidata...
#codeprettify{{
tar zxvf netcdf-fortran-4.X.X.tar.gz
cd netcdf-fortran-4.X.X
}}
既にインストールされているNetCDF-Cのライブラリのパスやpre...
#codeprettify{{
export NFDIR=$(nc-config --prefix)
export CFLAGS=$(nc-config --cflags)
export LDFLAGS=$(nc-config --libs)
./configure --prefix=$NFDIR --disable-fortran-type-check
make check
make install
}}
~
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-エラーその1 (netcdf-fortran-4.4.5)~
netcdf-fortran-4.4.5 をコンパイルする時のエラー.
nf_test/ftst_rengrps.F 内で
#codeprettify(lang-fortran){{
implicit none
include "netcdf.inc"
}}
と 1-column ずれており,旧形式の FORTRAN では 7-column 目...
1つスペースを入れる修正が必要.~
修正してPR送ろうと思ったら既に[[issue#192>https://github....
~
-注意点~
既に conda が入っていてその中の nc-config にパスが通って...
最初に which nc-config で確認した方が良い.~
~
~
**NetCDF3.6.3 [#aed9f6a9]
&color(red){使われなくなってきたのでもう基本的にインスト...
netcdf-3.6.3.tar.gz をどこかで解凍し,解凍された netcdf-3...
#codeprettify{{
tar -zxf netcdf-3.6.3.tar.gz
cd netcdf-3.6.3
}}
その次に,prefix で保存する場所を指定しつつ,configure を...
どのコンパイラでinstallしたかわかるようにしておくと混同し...
#codeprettify{{
./configure --prefix=/usr/local/netcdf-3.6.3_gnu
}}
ディレクトリはそのままで,
#codeprettify{{
make
make install
}}
をして,インストール完了.~
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